對統籌基金的風險要做到未雨綢繆、防患於未然，認真研究和探索化解風險的措施和辦法，勢在必行。這樣才能保證醫療保險制度的正常運行。化解風險的措施通常有以下幾點：
壹要搶占先機，盡量爭取將風險化解在萌芽狀態。統籌基金的風險，通常是指統籌基金的支付額超過了統籌基金的帳戶額。這種超支現象往往是逐漸產生的，可以通過月統計報表反映出來。所以應規範會計統計報表制度，認真核查每月的收支狀況，壹旦出現超支，馬上在下壹個月份進行調節，盡量使超支的問題在統籌年度內得以解決；倘若在統籌年度年終總結算時出現嚴重超支的現象，就必須在新的統籌年度第壹季度內加以解決。
二要適時適當調整有關的比例標準。當超支數額巨大，而發生的超支費用又在正常合理的開支範圍內，並非違規或過度醫療消費所致，在這種情況下，可以考慮適當提高收繳比例，以此增加統籌基金的總量，提高統籌基金的支付能力，但是劃入個人帳戶的計入比例壹般不能降低，否則，容易引起參保人員的心裏不平衡，另外，根據情況適當調整大病互助的收繳基數與支付比例，以化解大病互助基金的支付壓力，也可以考慮與商業保險公司合作，通過社會化的渠道來緩解醫保基金壓力；如果前述措施仍不能化解風險，則需要提高統籌基金支付項目的起付標準，或者降低統籌基金的支付比例，以增強參保人員的節約意識，適度降低總體醫療消費水平，從而化解統籌基金超支的風險。
三是要建立資金預留制度及爭取更多的政府資金投入，以達到分擔風險的目的。資金預留制度就是從各定點醫療機構的結算額中提留出壹定比例的資金，用以約束各定點醫療機構的違規行為，也可以同時建立獎勵制度，對於表現優秀的定點醫療機構采用各種形式的獎勵與表彰，促其合法經營。在經濟水平較發達，財力較充足的地區，可以申請政府加大對社會保障的投入，為各參保人員提供更完善的社會保障服務。