(壹)突破體制瓶頸，改革的重點應集中在科技創新、社會與市場的關系上。
壹要推進政府部門職能的“自我革命”。政府對創新的投入應逐步從“項目導向”轉向“功能導向”，引入社會化、市場化管理。
二要堅持事業單位改革的創新導向。重點推進事業單位科研經費投入方式改革，推進“以撥代投”、基金制，改革成果認定和收入分配方式。
第三，著力優化以企業為主體的創新體系。企業(國有、外資、民營)應有不同的創新功能定位和支持政策。國企專註於國家和市政重大工程的實施，成為創新驅動的動力源之壹。民營企業要成為上海市場化、非定向“草根創新”的主力軍，通過政府采購、市場開放、平臺建設、技術共享等方式為民營企業創新創造機會。
(2)打造有競爭力的創新生態系統。
首先，采取功能性和結構性措施降低企業成本。從角度實現突破，直接降低業務成本。同時利用非經濟杠桿降低綜合成本，如放開人才進滬政策、提高公眾服務水平、優化空間布局等，為創新、創業、生活創造更好的環境，可以對應更好的服務條件。
二是支持創新型服務業發展。在世界主要科技創新中心，創新中介服務呈現出集群化和產業鏈式增長趨勢。通過發展創新型中介服務機構，形成創新型服務經濟，提升創新型服務業對科技創新和產業發展的支撐能力。
三是培養和聚集壹批企業家，形成多層次的創新人才結構。充分重視企業家的創新核心功能，把集聚和培育企業家放在上海科技創新中心建設的重要環節。
(三)優化創新經濟空間布局上海發展有兩個戰略空間:中心城區服務“四個中心”建設，郊區是科技創新和制造業發展的重要空間。利用好郊區戰略空間，調整城鄉結構布局，走出傳統園區發展模式，促進區縣市壹體化發展，加快鎮域經濟發展。
壹是構建城郊產城融合發展新模式。要調整思路，打破城鎮原有功能，形成區縣經濟生產與城市融合發展的新模式。
二是建設創新示範鎮，形成創新走廊。結合區位特點，形成壹批科技小鎮、文化創意小鎮、農業小鎮、工業小鎮、旅遊小鎮，形成特色小鎮。
三是布局“創新軸”。結合上海的創新資源和產業空間布局，上海可以圍繞創新熱點建設創新軸，形成創新板塊。同時，創新軸將延伸至長三角，形成“滬寧、滬杭、滬滬”的創新通道，推動長三角協同創新。