引導基金應按照“政府引導、市場運作，科學決策、防範風險”的原則進行投資運作，扶持對象主要是按照《創業投資企業管理暫行辦法》規定程序備案的在中國境內設立的各類創業投資企業。在扶持創業投資企業設立與發展的過程中，要創新管理模式，實現政府政策意圖和所扶持創業投資企業按市場原則運作的有效結合；要探索建立科學合理的決策、考核機制，有效防範風險，實現引導基金自身的可持續發展；引導基金不用於市場已經充分競爭的領域，不與市場爭利。
引導基金的運作方式：
（壹）參股。引導基金主要通過參股方式，吸引社會資本***同發起設立創業投資企業。
（二）融資擔保。根據信貸征信機構提供的信用報告，對歷史信用記錄良好的創業投資企業，可采取提供融資擔保方式，支持其通過債權融資增強投資能力。
（三）跟進投資或其他方式。產業導向或區域導向較強的引導基金，可探索通過跟進投資或其他方式，支持創業投資企業發展並引導其投資方向。其中，跟進投資僅限於當創業投資企業投資創業早期企業或需要政府重點扶持和鼓勵的高新技術等產業領域的創業企業時，引導基金可以按適當股權比例向該創業企業投資，但不得以“跟進投資”之名，直接從事創業投資運作業務，而應發揮商業性創業投資企業發現投資項目、評估投資項目和實施投資管理的作用。
引導基金所扶持的創業投資企業，應當在其公司章程或有限合夥協議等法律文件中，規定以壹定比例資金投資於創業早期企業或需要政府重點扶持和鼓勵的高新技術等產業領域的創業企業。引導基金應當監督所扶持創業投資企業按照規定的投資方向進行投資運作，但不幹預所扶持創業投資企業的日常管理。引導基金不擔任所扶持公司型創業投資企業的受托管理機構或有限合夥型創業投資企業的普通合夥人，不參與投資設立創業投資管理企業。