每年5月底前，中央主管部門和各省(自治區、直轄市)根據國家確定的有關原則和本辦法第三條、第五條的規定，提出各自高校國家獎學金名額分配方案，報送財政部和教育部。
財政部、教育部委托全國學生資助管理中心對中央主管部門和各省(自治區、直轄市)提交的國家獎學金分配方案進行審核。
每年7月31日前，財政部、教育部結合全國學生資助管理中心審核意見，將國家助學金分配額度和預算下達中央主管部門和各省級財政、教育部門。
每年9月1前，由中央主管部門和省級以下財政、教育部門負責將國家助學金預算分配到所屬高校。
詳細的申請程序
國家助學金的申請和評審由高校組織實施。高等學校應根據本辦法的規定制定具體的評估辦法，並報中央主管部門或省級教育廳備案。高校在開展國家助學金評審工作時，應當對國家需要的農、林、水、礦、油、核等特殊學科專業的學生給予適當傾斜。
每年9月30日前，學生根據本辦法的基本申請條件及其他有關規定向學校提出申請，提交《普通本科院校和高等職業學校國家助學金申請表》。
在同壹學年內，申請並獲得國家助學金的學生可以同時申請並獲得國家獎學金或國家勵誌獎學金。
正在試行免費教育的教育部直屬師範大學師範教育專業學生，不再同時獲得國家助學金。
高校學生資助管理機構應結合我校家庭經濟困難學生分類情況，組織評審，提出國家資助初步名單和資助檔次，並於每年115前報中央主管部門或省級教育廳備案。