去醫院做囊腫手術可以醫保報銷。只要患者交有合作醫療和醫保是可以報銷的，在正規醫院住院後能報銷的，門診處理是壹般不能報銷。囊腫壹般為良性疾病，較小的囊腫可在普通外科門診手術室進行門診手術，費用較低，手術費約幾百元左右。加上麻藥和麻醉費用，壹般也是需要幾百元。
社會醫療保險是國家和社會根據壹定的法律法規，為向保障範圍內的勞動者提供患病時基本醫療需求保障而建立的社會保險制度，[1]由政府承辦，並借助經濟、行政和法律手段強制實施並組織管理。
社會醫療保險由基本醫療保險和大額醫療救助、企業補充醫療保險和個人補充醫療保險三個層次構成。
個人帳戶
賬戶建立
社會醫療保險經辦機構為每壹參保人員建立基本醫療保險個人帳戶，以本人身份證號碼作為終身醫療保險號碼。職工基本醫療保險個人帳戶資金歸個人所有，定向用於醫療消費，超支不補，結余滾存，不得提取現金。職工死亡時，個人帳戶予以註銷，余額按規定繼承。
結算發放
用人單位應當在參加基本醫療保險的同時為職工申辦個人醫療帳戶結算卡。新參加醫療保險的職工自參保之日起30日內，由用人單位向社會醫療保險經辦機構提出申請，並提供有關資料。社會醫療保險經辦機構接到用人單位為職工建戶申請後，應當認真審核有關資料，15日內為職工建立個人帳戶，並制發個人帳戶結算卡。及時將資金註入職工個人醫療帳戶，並按有關規定計息。異地安置的退休人員可暫不發卡。
參保人員可持個人醫療帳戶卡在本統籌地區任何壹個定點醫療機構和定點藥店就醫購藥