1.主要從事技術開發和有望在不久的將來實現實用價值的應用研究的科研機構，屬於技術開發類型，逐步實行技術合同制。
2.主要從事基礎研究和近期不能獲得實用價值的應用研究的科研單位，屬於基礎研究型，應逐步實行基金制。
3.從事醫療衛生、勞動保護、計劃生育、災害防治、環境科學等社會公益事業研究，信息、標準、計量觀測等技術基礎工作和農業科學研究的科研單位，屬於社會公益事業、技術基礎和農業科學研究的類型，原則上實行基金合同制。
4 .從事各類研究工作(包括技術開發型和基礎研究型)的科研單位屬於多種類型，其經費應通過多種渠道解決。
科研單位類型的劃分，由主管部門根據科研單位主要從事的科技活動的特點提出，報國家科委批準。第三條各類科研單位的科研事業費和其他來源的經費應統壹核算，並分別按以下方式管理。
1.屬於技術開發型的科研單位應當實行差別預算管理。其中，已是自收自支單位的退休人員經費仍由國家撥付作為定額補貼；國家撥給經費尚未自立的單位的科研經費，在“七五”期間要逐年減少，直至全部或基本停止。這類科研單位的資金主要是通過縱向和橫向的技術合同，在為社會創造經濟效益中獲得收入和積累資金。業務支出可以按比例減少，也可以按收入的壹定比例減少。
這類單位應根據1985年的轉指標，制定逐年減少業務費的計劃，經主管部門審核匯總後，報國家科委審批。
2 .屬於基礎研究型的科研單位，實行全額預算管理。其研究經費應逐步主要依靠申請經費，國家只撥出壹定的業務經費，保證必要的經常性開支和公共設施。必要的經常性費用，包括人員工資、補充工資、職工福利費、離退休人員費、人民助學金、公務費和小型科研預研費；公共設施的必要開支包括房屋修繕和小型公共科研儀器設備。科研費應逐步作為自然科學基金轉出。這類單位取得的合理收入，可以暫時留給本單位。
3.屬於社會公益事業和其他具有社會服務性質的科研單位，科研事業費仍由國家撥款，按照經費與任務掛鉤的原則實行全額管理和包幹經費。這些單位取得的合理收入，凈收入不超過本單位當年分配的包幹業務費的10%的，留給本單位，超出部分沖抵下壹年度撥款，壹半留給本單位。
要鼓勵和推動上述科研單位中可以商業化的科技工作，其經費管理方式要向技術開發型科研單位轉變。
4.屬於各類科研單位的，其科研經費按照分類核定的科技活動比例，分別按照上述1和2的辦法進行管理。
5.技術開發和各類科研單位減少的科研事業費，三分之二留給主管部門作為工業技術工作和國家重大科技項目的補貼，三分之壹由國家科委作為全國科技委托信貸資金和科技貸款的貼息資金。按照本辦法規定的條件，經國家科委批準，建立全國性的行業技術開發基金的部門，其減少的業務費，可留給行業主管部門作為技術開發基金。國家教委和中科院可以在上交國家科委的三分之壹資金中支持面向全國開放實驗室的費用。第四條各類科研單位在保證完成國家任務的前提下，可以通過技術轉讓、技術咨詢、技術服務、技術培訓、技術承包、技術出口、技術入股聯營、成果推廣、科研中試等科技活動取得技術性收入。還可以從與科技開發有關的小批量試制和經營活動中獲得合法收入，從而增強科研單位的自我發展能力和自覺服務經濟建設的活力。
根據國家規定，各類科研單位的凈收入和預算結余應建立事業發展基金、職工福利基金、職工獎勵基金和儲備基金。各種基金的提取比例，由主管部門報國家科委商財政部批準。