重大疾病治療按病種定額或定額支付，超過定額(或定額)標準的醫療費用原則上由醫療機構承擔。據介紹，對於該政策覆蓋的疾病，新農合將取消起付線。新農合基金對試點病種醫療費用的實際補償比例原則上應達到70%以上，年度醫療費用累計補償不超過當地住院補償封頂線。
已開展重大疾病醫療救助試點的地區，新農合補償的農村低收入家庭成員和五保戶醫療救助資金比例要達到70%以上。
對家庭人均收入低於當地低保標準150%的低收入家庭中的低收入老年人、重度殘疾人和重特大疾病患者，經新農合補償後，醫療救助資金比例應達到60%以上；未設置醫療費用限額的重特大疾病，在封頂線內給予救助。
擴展數據
20種重疾納入重疾保障。
2013年新農合重點工作是擴大重大疾病覆蓋面，提高補償比例，避免農民因(重大)疾病返貧。
據衛生部相關負責人介紹，2013年，肺癌等20種重大疾病的保障將以省為單位全面推進。已開展大病保險試點的地區，優先將20種重大疾病納入大病保險範圍，新農合按不低於70%的比例予以補償。
補償後，超過大病保險補償標準的個人負擔部分，由大病保險按照不低於50%的比例給予補償。二次補償後，貧困農民將額外獲得15%的民政醫療救助基金，使總報銷比例達到90%。
百度百科-農村大病保障