“母親河保護工程”是“母親河保護行動”的核心。初步規劃從1999開始，用5年時間建設100多萬畝綠化工程，主要在黃河、長江等主要流域的國家重點生態工程控制區。實施項目造林和項目管理。項目統壹名稱，即“母親河保護工程”。嚴格按照項目的科學設計，通過申報審批制度確定項目。國家重點工程應選擇在國家計委和國家林業局確定的重點生態工程治理區，以及地方政府規劃的造林綠化區。由縣級以上團委、林業部申報，經同級政府和省級“保護母親河行動”領導機構批準，報全國“保護母親河行動”領導小組審批。各地也可確定當地重點項目，由當地領導小組負責規劃和實施。所有項目按項目組織實施，加強管理。同時，積極探索其他方式支持貧困農戶植樹造林，促進農村林業發展。國家重點項目由按比例組織資金，國家林業局等部門專項投入，項目所在地縣級以上(含縣級)政府配套，落實建設資金。地方重點工程建設資金由地方團組織、綠化委員會、林業和青基會及地方有關部門協調落實。各級綠化委員會可以從公民義務植樹和綠化費中支持該項目的建設。
在青少年植綠護綠日常活動的基礎上，將植樹節作為“保護母親河行動周”，將國際地球日、環境保護日、防沙治沙日作為“保護母親河行動日”，組織開展大規模的宣傳教育、募捐和植綠護綠實踐活動。
“母親河保護基金”是共青團推進項目建設的主要資金來源。主要以“5元捐壹棵樹”、“200元捐1畝林”和捐壹片命名紀念林的形式籌集。基本方式有:(1)鼓勵當地暫時缺乏條件的公民履行植樹義務，自願繳納壹定費用履行植樹義務。特別是在18歲的成人教育活動中，用這種方式幫助青少年履行第壹個公民義務。(2)面向國內積極關註和參與祖國綠化和生態環境建設大業的企業、組織和公民個人。(3)面向國際組織、海外企業、組織和關心中國和世界環境、生態、綠化建設的有識之士。