《最高人民法院關於審理環境民事公益訴訟案件適用法律若幹問題的解釋》第24條規定了環境公益訴訟案件賠償款項的用途，即法院判決被告承擔的生態環境修復費用、生態環境受到損害至恢復原狀期間服務功能損失等款項，應當用於修復被損害的生態環境。其他環境民事公益訴訟中敗訴原告承擔的調查取證、專家咨詢、檢驗、鑒定等必要費用，可以酌情從上述款項中支付。但對公益訴訟案件賠償款項歸屬、如何使用、誰來監督、誰來評估等壹系列問題都沒有細致規定。《人民檢察院提起公益訴訟試點工作實施辦法》《人民法院審理人民檢察院提起公益訴訟案件試點工作實施辦法》對民事公益訴訟案件賠償款項的使用管理也沒有規定。
因此，各地對環境公益訴訟賠償款的使用管理存在不同做法。如昆明市環保局開設環境公益訴訟救濟專項資金專門賬戶，對救濟資金統壹核算和管理。無錫市設立了財政專戶，專門用於環境修復。同時，針對檢察機關提起的環境民事公益訴訟案件中的賠償款項的管理也有不同做法。壹是賠償款項支付至環境公益基金專用賬戶。二是賠償款項支付至財政局環保專用賬戶。三是賠償款項支付至檢察院指定的賬戶。可見，實踐中環境公益訴訟賠償款使用管理不統壹的做法普遍存在，容易導致環境修復款成為新的尋租空間，衍生新的腐敗。
為了更好地管理並使用環境修復資金，2014年7月3日，最高人民法院發布《關於全面加強環境資源審判工作為推進生態文明建設提供有力司法保障的意見》(下稱《意見》)，提出了“探索設立環境公益訴訟專項基金”的主張。2015年12月3日，中***中央辦公廳、國務院辦公廳印發並實施《生態環境損害賠償制度改革試點方案》，確定吉林、江蘇、山東、湖南、重慶、貴州、雲南七省（市）進行為期二年的試點工作，探索建立生態環境損害的修復和賠償制度，資金管理制度即是其中重要內容。