不同的合作醫療項目有不同的報銷方式，如下:1。門診報銷:開通農村醫保卡後，直接在定點醫療單位收費處刷卡，報銷比例直接顯示在收費單上。2.住院報銷:直接開具農村醫保卡，交押金，辦理住院手續。參保人出院時，直接扣除報銷費用，結賬出院。3.大病補助:對於住院期間發生的高額費用，可以申請大病補助，提出申請，去民辦填寫資料，開具證明，帶上身份證復印件，戶口本，農村醫保卡等。到私人辦公室，審核後直接錄入參保人的醫保卡。4.意外傷害:因意外流產住院的，可憑出生證明出院後，在農村醫療保險指定的醫療單位直接憑醫保卡刷卡。如果還沒有辦理，需要及時補辦出生醫學證明，到鎮醫療合作社提交住院單位的病歷證明和收據，提交醫保卡復印件。工作人員審核後，在15個工作日內打入參保人的醫保卡。5.異地就醫:異地員工還可以享受直接刷卡。當地醫療單位需要開具異地就醫轉診證明的，需持轉診證明、病歷證明、出院票據、身份證、戶口本、農村醫保卡等有效證件到當地醫療合作社辦理。6.特殊情況:被保險人不在農村醫保定點醫療單位，或由第三方出資，兒童疫苗、美容、正畸、流產、醉酒、打架等。不納入農村醫療保險範圍。
法律客觀性:
《社會保險法》第28條
符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條
參保人員醫療費用中應由基本醫療保險基金支付的部分，由社會保險經辦機構、醫療機構和藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。