縱向科研和橫向科研的主要區別在於表達的對象不同，內容也不同。橫向項目指企業的項目，縱向項目指由各級政府指定的科研行政單位代表政府發起的項目。縱向項目包括國家項目，壹般指科技部、國家發改委、財政部、國家自然科學基金委和國家社會科學基金委交辦的項目。
1.垂直科技項目
縱向科技項目是指經上級科技部門或機構批準的各類計劃(規劃)和基金項目，包括:
(1)國家項目。壹般指科技部、發改委、財政部、國家自然科學基金委、國家社會科學基金委下達的項目)；
(2)省部級項目。壹般指省科技廳、省發改委、財政廳、自然科學基金委下達的項目，以及除科技部、發改委、財政部以外的其他部委下達的部級項目；
(3)市級、省級局級項目。壹般是指市級項目和省、局級項目。
因為垂直項目是政府部門下達的(或者政府部門委托的)，雖然經費不多，但是具有指導性，很難獲得。因此，縱向項目往往成為衡量壹個單位(如高校、科研機構)科研水平的重要指標，在科研評價體系中比橫向項目具有更高的權重值——盡管後者的經費往往是前者的數倍。
2.橫向科技項目
橫向科技項目是指企事業單位和兄弟單位委托的各類科技開發、科技服務、科學研究等項目，以及政府部門通過非常規申報渠道下達的項目。
申請文件的承擔單位沒有本單位簽署的縱向項目，承擔單位轉移本單位的子項目或外包資金，壹般作為橫向項目處理。
因為橫向項目主要不是由政府部門發布(或受政府部門委托)，所以來源廣泛，容易獲得。因此，雖然它們的研究內容可能更貼近社會需求，研究經費更多，但在科研評價體系中，橫向項目的權重值往往明顯低於縱向項目。