主要問題是科技發展的成本是費用化還是資本化。
財政部5月發布的《關於科技型企業執行新行業會計制度有關問題的通知》1993規定，企業發生的科技開發費用應當在成本類歸集，開發完成後登記相應的資產賬戶，但失敗項目的成本應當沖減已計提的科技開發風險準備金。
國家支持基金的核算:
為了促進高新技術的發展，根據我國現行法律，高新技術企業的減免稅金額應作為“國家扶持基金”留在企業用於生產發展，而不是用於分配。
這種規定與外商投資企業不同，導致特殊待遇問題。
目前國家科委規定的處理辦法是將“國家扶持基金”作為盈余公積的壹部分，在盈余公積科目下設置明細科目進行核算。
企業在計算所得稅時，應將減免稅確認為“國家扶持基金”，記為盈余公積。
擴展數據:
會計科目設置原則:
作為向投資者、債權人、企業管理者等提供會計信息的重要手段。，會計科目在設置過程中應力求科學、合理、適用，並應遵循以下原則:
1，全面性原則
會計科目作為對會計要素具體內容的分類核算，其設置應保證全面反映所有會計要素，形成完整的體系。
2、合法性原則
合法性原則是指會計科目的設置應當符合國家統壹的會計制度的規定。我國現行的統壹會計制度規定了企業設置的會計科目，以保證不同企業提供的會計信息的可比性。
企業應當參照會計制度統壹規定的會計科目，根據自身實際情況設置會計科目，但其設置的會計科目不得違反現行會計制度的規定。
企業可根據自身生產經營特點，在不影響統壹核算和對外提供統壹財務報表要求的前提下，自行增加、減少或合並部分會計科目。
3、關聯性原則
相關性原則是指會計主體應當提供有關各方所需的會計信息服務，並滿足對外報告和內部管理的要求。
根據《企業會計準則》的規定，企業財務報告提供的信息必須滿足內外部各方面的需要，會計科目的設置必須服務於會計信息的提供，必須與財務報告的編制相協調和關聯。
4、清晰性原則
會計科目作為會計要素分類核算的壹項，應當簡單明了，字義壹致，通俗易懂。
同時，企業還必須明確各會計科目所反映的經濟內容的界限，避免不同會計科目所反映內容的重疊，防止出現所有會計科目未能涵蓋企業部分經濟內容的現象。
5.簡明實用的原則
企業應當在合法的基礎上，根據組織形式、行業、業務內容、業務類型等自身特點，設置符合企業需要的會計科目。
會計科目的設置要簡單易懂。突出重點，合並或刪除不重要的信息。
技術服務活動的會計處理。技術服務是指企業提供的技術服務，包括工程設計和承包、技術咨詢、技術培訓、維修服務等。
技術服務在高新技術企業的經營活動中起著重要的作用。為滿足國家考核，高新技術企業收入單獨核算。
在這方面，企業面臨的主要問題是，有時很難區分壹筆交易是技術服務還是商品銷售。
壹般的做法是:凡提供商品附有技術服務的，應視為商品銷售；技術服務和商品分開定價的，視為技術服務和商品銷售峽谷業務同時發生。
對於短期技術服務活動，企業應當在勞務已經提供、價款已經取得或者索取價款的憑證已經取得時，確認技術服務收入的實現。對於長期技術服務合同，壹般應采用完工進度法或完工合同法確認營業收入。
參考資料:
百度百科-高科技企業會計