（壹）國有土地出讓收支預算編制不夠細化。與公***財政預算相比，土地出讓收入支出的功能分類科目較粗，難以清晰地反映基金的支出結構與方向。缺少科學完整的支出標準體系，導致預算審核缺乏依據。土地開發費用是土地出讓收入支出中的壹項較大的成本性支出，由於缺乏具體的支出標準，壹直以來，土地成本核算基本上都是按國土部門申報的數據進行確認，或者憑感覺進行審核，難以說服其他部門。同時，基金預算編制的內容、時間和程序也沒有明確規定，缺乏嚴格規範。
（二）國有土地出讓收支管理制度尚不完善。新出臺的辦法規定財政部門、國土資源管理部門、人民銀行分支機構及審計機關要建立健全對國有土地出讓收支情況的定期和不定期檢查制度，但對相關職能部門沒有明確規定，對職能部門違背規定的做法沒有切實的處罰措施，執行中缺乏明確的依據，對違規行為和對象難以進行有效的制約和處罰。
（三）國有土地出讓收支預算基金缺乏約束力。基金預算編制與實際執行難以有效銜接，沒有嚴格按預算科目和項目執行。土地出讓收入受土地市場狀況、經濟發展水平、國家宏觀政策等因素影響較大，具有不穩定性、不確定性等特征、容易造成年度間收入大起大落，難以準確預測年度收入預算。在支出使用時，又與出讓宗地有具體情況緊密相連，如出讓新增建設用地取得的土地出讓收入中有相當壹部分要用於支付被征地農民的補償性費用，改制企業出讓土地使用權的取得收入主要用於企業改革需要，出讓存量建設用地使用權取得的土地出讓收入中需要開支土地開發費用，因地塊不同，開支的項目標準也不相同，而每宗土地能否出讓成功也難以準確預測，也都增加了預算執行不確定性。