1987年11月2日，臺灣省開放民眾赴大陸探親，兩岸民間交流日益頻繁。為了順應這種形勢，處理海上犯罪、私渡、走私、證件查驗、財產繼承、婚姻關系、經貿糾紛等問題，臺灣省各界人士在臺灣行政當局的協助下成立了SEF，處理相關事務。
1990年11月21日，臺北召開SEF捐贈人會議，並召開第壹次理事監事聯席會議，通過《海峽交流基金會捐贈與組織章程》。SEF於1991年2月8日完成聯合體法人註冊，同年3月9日正式對外服務；1991年4月9日，SEF與陸委會簽訂委托合同，辦理兩岸協商對話、證件查驗驗證、人民出差探親糾紛調處等涉及“公權力”的相關業務。
SEF設有董事會，下設秘書處、文化服務處、經貿服務處、法律服務處、旅遊服務處、綜合服務處、人事和會計處，處理具體事務。SEF目前有壹名秘書長和三名副秘書長。
第壹屆主席為顧，副主席為陳、徐勝法，秘書長為陳。2005年顧去世後，和洪奇昌先後擔任主席，於2008年5月接任；歷任秘書長有陳、陳榮傑、邱進益、焦仁和、徐惠友、遊應龍、高孔廉。
據SEF網站介紹，其業務以兩岸互動為主，分為溝通、服務、咨詢三個部分。
1992年，海協會與在港就如何在兩岸商務會談中表達堅持壹個中國原則的問題進行了商談，後來形成了“九二諒解”，這也為兩會會談和海協會會長汪道涵與董事長顧的會談奠定了基礎。
1993年4月，首次“汪辜會談”在新加坡舉行，兩岸關系邁出了歷史性的重要壹步。1998年10月，辜與汪道涵在上海舉行了第二次“汪辜會談”，雙方達成了包括繼續兩岸政治對話和汪道涵應邀訪臺在內的諒解。