壹、主要職責不同
航道局主要負責審批與通航有關的攔河、跨河、臨河建築物的通航標準和技術要求，會同有關部門對通航河流進行綜合開發和治理，處理水資源綜合利用中與航道有關事宜。發布航道通告，實施與航道有關的水文管理。負責有關航道方面利用外資、對外合作與交流工作。
海事局主要負責船舶、海上設施檢驗行業管理以及船舶適航和船舶技術管理；管理船舶及海上設施法定檢驗、發證工作；審定船舶檢驗機構和驗船師資質、負責對外國驗船組織在華設立代表機構進行監督管理；負責中國籍船舶登記、發證、檢查和進出港簽證等。
二、直屬機構不同
航道利用外資項目管理辦公室，負責全省航道系統利用世界銀行貸款及其他外資項目的計劃、財務(支付)管理、工程管理、環境保護、技術援助和人員培訓等工作，組織協調建設項目的評估，承擔省航道局涉外融資、技術交流及其他外事活動的有關具體工作。
海事局為交通運輸部直屬行政機構，實行垂直管理體制。根據法律、法規的授權，海事局負責行使國家水上安全監督和防止船舶汙染、船舶及海上設施檢驗、航海保障管理和行政執法，並履行交通部安全生產等管理職能。
擴展資料：
海事局的相關職能：
1、負責船員、引航員、磁羅經校正員適任資格培訓、考試、發證管理。審核和監督管理船員、引航員、磁羅經校正員培訓機構資質及其質量體系；負責海員證件的管理工作。
2、負責航海保障工作、管理沿海航標、無線電導航和水上安全通信。管理海區港口航道測繪並組織編印相關航海圖書資料，歸口管理交通行業測繪工作。承擔水上搜尋救助組織、協調和指導的有關工作。
3、組織實施國際海事條約；履行船旗國、港口國及沿岸國監督管理義務，依法維護國家主權。負責有關海事業務國際組織事務和有關國際合作、交流事宜。
4、編制全國海事系統中長期發展規劃和有關計劃；管理所屬單位基本建設、財務、教育、科技、人事、勞動工資、精神文明建設工作；負責船舶港務費、船舶噸稅、船舶油汙損害賠償基金等有關管理工作。
5、管理通航秩序、通航環境。負責禁航區、航道（路）、交通管制區、錨地和安全作業區等水域的劃定；負責禁航區、航道（路）、交通管制區、錨地和安全作業區等水域的監督管理，維護水上交通秩序；核定船舶靠泊安全條件；核準與通航安全有關的岸線使用和水上水下施工、作業、
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