二十世紀末，學校還僅有壹幢1323m2的慶同樓，其它全是土墻瓦頂的平房，多數還是C類乃至D類危房，圖書、儀器幾乎是壹片空白。全校上下深知這樣的辦學條件很難為學生成長提供壹個優良的環境，更談不上適應素質教育的需求。而單純依賴政府投入又難以解決學校的困難。因此，我們聘請專家規劃、科學定位，利用政府投入、校內融資、引進外資、銀行借貸等形式，全面啟動了建校工程，僅僅幾年時間，我校基礎建設、配套工程突飛猛進，校容校貌煥然壹新。
1998年：學校建起了總面積863 m2的綜合樓，解決了教師辦公用房。
2000年：總面積1190 m2的女生宿舍樓落成，從根本上改善了女生住宿條件。
2002年12月：壹幢994m2的實驗樓建成。
2003年9月：總面積1600m2的男生宿舍樓落成，改變了男生住宿條件；
2006年11月：由香港逸揮基金會援建的“逸揮基金教學樓”投入使用，該樓總面積2700m2，內設30個教室，設施壹流，從根本上改善了學生學習條件。
此外，壹幢總面積5300m2的教師住宅樓即將封頂，可望於07年6月交付使用。
與此同時，
2000年、2005年，學校先後建成兩個標準化微機教室。
2004年，南京三中援助，興建標準化語音室。
2005年，建立多媒體教室。
2006年，建立兩個物理實驗室，兩個化學實驗室，壹個生物綜合實驗室，並按國家二樓標準配齊了理化生儀器。
2006年，投入10多萬元，充實了圖書室、閱覽室。
完成上述工程，學校投入近千萬元。這幾年，學校規模從小到大，配套設施從無到有，實現了跨越式發展，壹個嶄新的燕中正呈現在人們面前。2007年春學期，我們還將改建校門，做好前後樓周圍綠化、美化工程；2007年秋學期，我們將如期完成餐廳、運動場建設，並全面完成校園亮化工程。我們的目標是：漫步校園，人之所觸，足之所履，目之所及，均能感受到濃厚的天文氣息，充分發揮環境育人的作用，使校園成為凈化師生心靈，陶冶師生情操，規範師生行為的無聲導師。