1、企業所得稅處理：
《財政部、國家稅務總局關於財政性資金、行政事業性收費、政府性基金有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅[2008]151號）第壹條第（壹）款規定，企業取得的各類財政性資金，除屬於國家投資和資金使用後要求歸還本金的以外，均應計入企業當年收入總額。 第（二）款規定，對企業取得的由國務院財政、稅務主管部門規定專項用途並經國務院批準的財政性資金，準予作為不征稅收入，在計算應納稅所得額時從收入總額中減除。
第三條規定，企業的不征稅收入用於支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；企業的不征稅收入用於支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。
根據上述規定，企業收到的科技創新基金，應計入企業當年收入總額，繳納企業所得稅
2、會計處理：
《企業會計準則第16號——政府補助》第七條規定，與資產相關的政府補助，應當確認為遞延收益，並在相關資產使用壽命內平均分配，計入當期損益。
第八條規定，與收益相關的政府補助，應當分別下列情況處理：
（壹）用於補償企業以後期間的相關費用或損失的，確認為遞延收益，並在確認相關費用的期間，計入當期損益。
（二）用於補償企業已發生的相關費用或損失的，直接計入當期損益。
公司取得的創新基金，如果屬於與資產相關的政府補助，收到時先記入“遞延收益”科目，並在相關資產使用壽命內平均分配，計入“營業外收入”科目；
如果屬於與收益相關的政府補助，用於補償企業以後期間的相關費用或損失的，取得時記入“遞延收益”科目，在確認相關費用的期間計入“營業外收入”科目；
用於補償企業已發生的相關費用或損失的，取得時直接計入“營業外收入”科目。