研究院創新崗位90個，目前在職研究人員78人，其中中國工程院院士1人，研究員15人，副研究員32人。博士生導師11人，碩士生導師22人；國家級有突出貢獻中青年專家1人，農業部有突出貢獻中青年專家2人，國家“百千萬人才工程”人選2人；壹級崗位優秀人才2名，二級崗位優秀人才4名，三級崗位優秀人才6名。45歲以下的中青年科研人員占科技人員總數的86%，具有博士、碩士學位的占科技人員總數的68%，已成為我國農業生物技術領域的重要骨幹力量。
該所圍繞國家對高產、優質、高效、可持續農業發展的需求，瞄準國際生命科學和生物技術發展前沿，進壹步擴大在轉基因作物和重組微生物研發方面的優勢，在植物代謝工程和微生物酶工程前沿領域形成特色，堅持植物與微生物及相關學科的交叉融合，重點開展植物基因工程、 植物抗逆性分子生物學、植物營養代謝與代謝工程、植物功能基因組學、基因表達系統與生物反應器、農業微生物基因工程、環境微生物基因工程、農業轉基因生物安全性評價。
“十五”期間，該所承擔了國家863計劃、國家973計劃、國家自然科學基金、國家轉基因植物專項研究與產業化、國家科技攻關項目和國際合作項目等100多項。獲得國家級、省級科技成果30余項，申請國家發明專利49項(其中授權專利11項，國內授予專利1項，國內授予專利1項)，在國內外重要學術期刊發表論文600余篇，出版專著165438部。轉基因抗蟲三系雜交棉分子育種技術、油菜油體表達系統生產鮭魚降鈣素、轉Xa21基因水稻、轉植酸酶基因玉米、抗草甘膦基因工程、水稻突變體創制、農業微生物菌劑、植物抗逆分子生物學等都取得了重大創新和突破。
近年來，研究所以轉基因抗蟲棉、抗蟲三系雜交棉產業化為龍頭，以微生物酶工程產品為新的增長點，積極探索促進科技成果轉化的新途徑，先後轉讓了抗蟲棉、甜蛋白、有機磷農藥降解酶、乳糖酶等十余項科技成果。
該所積極拓寬國際合作渠道，外事工作重點逐步由增進交流轉向探索合作，接待了美國、英國、法國、加拿大等30多個國家的專家學者來訪和交流，使科研人員及時了解國際農業生物技術領域的最新研究進展和發展趨勢。
生物技術研究院作為專門從事農業生物技術研究的國家級科研機構，力爭經過5-10年的努力，建成國內壹流、國際知名的農業生物技術研究院，成為國家農業生物技術科技創新中心、科技產業孵化中心、國際合作交流中心和人才培養基地，為建設創新型國家和社會主義新農村做出更大貢獻。