政府采購資金直接撥付是指財政部門根據政府采購合同的約定，通過代理銀行(國有商業銀行或股份制商業銀行)將采購資金直接撥付給中標供應商的方式。選定的代理行必須事先獲得中國人民銀行國庫司對其采購資金劃撥業務資格的認證。然後，財政部門將通過招標為符合條件的銀行確定代理銀行。財政部門國庫管理機構應按規定在代理銀行開立“政府采購資金專用賬戶”，相應部門和單位原采購專用資金賬戶予以撤銷。政府采購資金直接撥付可分為全額直接撥付、差額撥付和采購卡支付三種具體方式。項目的具體資助方式由同級財政部門根據實際情況確定。
1.全額直接支付
全額直接撥付是指采購活動開始前，采購機關必須先將單位自籌資金和預算外資金歸集到政府采購資金專用賬戶；財政部門根據需要支付款項時，將預算內資金、單位自籌資金和預算外資金通過政府采購資金專用賬戶撥付給供應商。
2.差額支付方式
差額分攤法是指財政部門和采購機關按照政府采購項目中約定的各方負擔比例，將本單位的預算內資金、預算外資金和自籌資金分別支付給供應商。當然，對於采購資金全部為預算資金的采購項目，也實行這種支付方式。
3.購物卡支付方式
采購卡支付方式是指采購機關使用選定商業銀行發行的單位借記卡支付采購資金。此方法適用於采購代理機構的常規零星采購項目。
(二)財政直接撥款的具體管理程序。
財政直接撥款的具體管理程序包括資金歸集、支付申請和支付三個階段。
1.資本匯集
對於全額支付的采購項目，采購機關應當在采購活動開始前兩個工作日內，根據政府采購計劃將應分攤的資金轉入政府采購資金專用賬戶；對於實行差額支付方式的采購項目，采購機關應當在確保支付能力的前提下開展采購活動。
2.付款申請
采購機關根據合同需要支付時，應當向財政部門采購管理機構提交撥款申請和相關采購文件。其中，實行差額支付方式的，必須經財政部門政府采購主管部門確認支付單位自籌資金和預算外資金後，方可申請支付預算內資金。
支付
財政部門國庫管理機構對采購機關上報的政府采購資金撥付申請或預算撥款申請進行審核後，按照實際數量通過政府采購資金專用賬戶支付給供應商。實行差額支付方式的，按照先支付預算單位自籌資金和預算外資金，後支付預算內資金的順序實施。中國人民銀行國庫根據財政部門下達的支付指令撥付預算資金。
此外，政府采購節約的資金屬於預算資金的，原則上應當留在人民銀行國庫，用於平衡預算；單位預算外資金和自籌資金按各自負擔比例和原資金渠道返還采購機關；政府采購資金專用賬戶的利息收入原則上應當繳入同級國庫。