2.市場功能不同，北京證券交易所聚焦創新型中小企業，服務對象“更早、更小、更新”，通過構建新三板基礎層、創新層到北京證券交易所層層遞進的市場結構，充分體現市場包容性和服務精準性，強化各市場板塊之間的功能互補，不斷擴大資本市場覆蓋面，提高直接融資比重。
3.制度安排不同，北京證券交易所著力構建契合中小企業特點的基礎制度，堅持上市公司從符合條件的創新層企業中產生。同時，北京證券交易所堅持向滬深交易所的轉板機制，充分發揮紐帶作用，強化多層次資本市場互聯互通。
4.組織形式的不同，北交所和上交所、深交所最明顯的區別是組織形式的不同。北交所是公司制，而上交所和深交所都是會員制。
5.服務的企業不同。北京證券交易所成立的初衷是為“專精特新”的小巨人或者說中小企業融資服務，因此北交所的上市公司具有：“更早、更小、更新”的特點，“小而美”。如果說北交所的上市公司還是小船，北交所則是為企業提供航道的河流。上交所的公司多是央企、國企，還有科創板的高新科技公司，市值大的公司大部分都在這裏。深交所是主要是以民營龍頭企業和創業板為主，創業板有新能源、醫療等行業的公司，主要是些中市值公司。
北交所交易規則
北交所《交易規則》整體延續精選層以連續競價為核心的交易制度，漲跌幅限制、申報規則、價格穩定機制等其他主要規定均保持不變，不改變投資者交易習慣，不增加市場負擔，體現中小企業股票交易特點，確保市場交易的穩定性和連續性。與精選層交易制度相比，北交所《交易規則》僅做了發布主體、體例等適應性調整，內容沒有變化。
1.交易方式
北交所股票可以采取競價交易、大宗交易、協議轉讓等交易方式。其中，競價交易和大宗交易的相關規定在《交易規則》中予以明確；協議轉讓的具體要求由北交所另行規定。考慮到市場流動性以及公募基金等機構投資者的交易需要，為今後引入混合交易和盤後固定價格交易預留制度空間。
2.漲跌幅限制及申報有效價格範圍
考慮到中小企業股票估值特點，為了有效促進價格發現，北交所競價交易漲跌幅限制比例為前收盤價的 ± 30%，上市首日不設漲跌幅限制。此外，為促進盤中價格收斂，增強價格連續性，連續競價階段設置基準價格 ± 5%（或10個最小價格變動單位）的申報有效價格範圍。