組織協調機關工作和會議安排；負責政務信息、目標管理、文秘、機要、機要、宣傳、檔案、信訪、外事、辦公自動化、打印、收發等工作。；起草綜合性文件、報告、總結、計劃、規章制度，並負責督促、檢查和催辦。
監控網絡辦公室
負責氣象綜合觀測管理、信息網絡和技術裝備保障。負責制定本行政區域內監測網絡事業發展規劃和計劃，組織實施全省監測網絡事業現代化建設；負責氣象站環境保護的技術檢查；負責信息共享管理。“福建沿海及臺灣省海峽氣象防災減災服務體系”建設領導小組辦公室隸屬於該辦公室。
科技減災處
負責天氣預報管理、公眾和專業氣象服務管理、科技管理、人工影響天氣管理。負責氣象預報和服務業務的發展規劃和計劃；管理氣象預報、警報和其他氣象信息的發布；組織協調災害性天氣的聯防；負責突發氣象災害的應急管理；負責管理氣候資源的開發、利用和保護；負責生態和農業氣象學的規劃和實施；負責組織實施全省預報服務業務的現代化；組織推廣科技成果、新技術和新業務。福建省氣象局人工影響天氣管理處隸屬於該辦公室。
規劃和財務辦公室
組織制定本行政區域氣象事業發展的中長期規劃和年度計劃，並監督實施；負責建立和完善全省雙重計劃金融體系；歸口管理本省氣象行業規劃計劃和項目；負責預算、決算、項目建設、國庫集中支付、政府采購和國有資產的管理和執行、統計等工作；指導全省氣象部門的各類基金管理和地方氣象事業的發展。
人事教育辦公室
負責省黨組管理幹部的考核、任免和後備幹部隊伍建設；負責氣象系統組織機構、勞動工資、社會保障、就業調配、獎勵、專業技術人員、聘用合同等人事管理工作；制定人才培養的規劃和計劃並組織實施；負責員工在職教育培訓的組織和管理。
政策法規司
負責政策法規管理、行業管理和標準化管理；組織起草地方性氣象法規、政府規章和規範性文件；組織、協調和管理氣象行政執法，承辦氣象行政復議、應訴、處罰聽證、相關氣象行政許可，承辦氣象行政許可受理窗口相關工作；組織法律法規的學習、宣傳和普及；負責氣象行業管理的綜合協調；負責科技服務的宏觀協調和政策指導；組織管理雷電災害防禦工作。
監督和審計局
負責本行政區域內氣象系統的監督和審計工作。指導福建氣象系統黨風廉政建設；在黨章和有關規定範圍內，對省局黨組成員和黨組管理幹部進行監督；負責局黨組管理幹部違紀案件和本行政區域氣象系統重大違紀案件的調查處理。
機關黨委辦公室
承擔直屬機關黨委和精神文明建設的日常工作；歸口管理工會、共青團、婦女、統戰和僑務工作；協助地方黨委和人民政府做好氣象部門的精神文明建設和思想政治工作。
離退休幹部辦公室
負責對全省氣象系統離退休幹部工作的宏觀指導；承擔省氣象局離退休幹部的管理和服務工作。