2002－2009年，中心獨立承擔各級各類科研項目153項：
國家自然科學基金項目：12項；
國家973項目：2項（分題負責單位）；
國家科技重大專項：子項目牽頭1項，參與5項；
國家衛生部課題：3項；
省級項目：13項；
市科技項目：108項；
國際合作項目：9項；
中心承擔國家自然科學基金項目，在我國CDC系統中是受資助項目較多的單位之壹。 2002-2009年獲得各級科研成果23項，其中
省科技進步 特等獎 1項
二等獎 1項
三等獎 4項
市科技進步 壹等獎 7項
二等獎 2項
三等獎 5項
中華預防醫學會科技 三等獎 2項 ☆傳染病：艾滋病、病毒性肝炎、流感、人感染禽流感、瘧疾、SARS、軍團菌等；
☆非傳染病:高血壓、糖尿病、腦卒中、惡性腫瘤等；
☆寄生蟲病：瘧疾、肝吸蟲、隱孢子蟲等；
☆傷害：交通、職業、學校等；
☆營養、環境、職業、社會、心理等健康危害因素；
☆學科層面：現場流行病、分子流行病、分子生物學、蛋白組學、毒理（生化、分子）。 ☆莊誌雄教授：博士生導師，主要研究方向為生化與分子毒理學，獨立指導26名博士、碩士研究生順利畢業。現為中國毒理學會理事長、國務院學位委員會學科評議委員、中國醫學教育學會預防醫學教育研究會副理事長、亞洲毒理學會理事、中華勞動衛生職業病學會副主任委員、全國職業衛生標準委員會副主任委員、廣東省衛生毒理學會主任委員、廣東熱帶醫學會副理事長、《衛生毒理學雜誌》、《中國公***衛生》、《中國公***衛生管理》、《中國性病艾滋病雜誌》副主編、10余種雜誌編委。主持和參加國家重點基礎研究發展計劃項目（973項目）、國家自然科學基金、衛生部科研基金、廣東省科研基金十余項，發表科研論文100余篇，參加編寫4本著作和教材的編寫。多次獲衛生部科技進步獎、國家教委科技進步獎、廣東省科技進步獎、深圳市和廣州市科技進步獎；1993年起獲國務院頒發政府特殊津貼。
☆程錦泉教授：博士生導師，香港中文大學特聘教授，廣東省高級職稱評定委員會委員，畢業於華中科技大學同濟醫學院。現任深圳市政府決策咨詢專家委員會委員、享受深圳市政府特殊津貼專家、《中國公***衛生管理》及《中國公***衛生》雜誌副主編、《中華預防醫學》雜誌編委、中華預防醫學會社會醫學分會委員、廣東省預防醫學會環境衛生專業委員會副主任委員、廣東省預防醫學會流行病專業委員會委員、深圳市預防醫學副會長、深圳衛生經濟學會理事。先後在國際國內權威學術雜誌上發表論文50多篇，主持和參與國家七.五攻關課題1項，主持國家自然科學基金課題1項，參與國家自然科學基金課題2項。主持廣東省衛生廳課題1項，深圳市科技項目等5項，還主持《深圳市區域衛生規劃研究》，《深圳市衛生政策研究》、《深圳市控制梅毒艾滋病母嬰傳播及經濟學評價研究》等項目以及參與世界衛生組織，中國歐盟，中英、全球項目。2002年獲深圳市科技進步二等獎；2004年獲深圳市科技進步三等獎；2005年獲深圳市科技進步三等獎；2006年、2008年分別獲得深圳市科技創新獎。
☆張仁利教授： 2000年畢業於日本名古屋市立大學醫學部，獲得病原生物學醫學博士學位，主要從事熱帶病研究，現為深圳市疾病預防控制中心分子生物研究室主任、主任醫師，深圳大學生命科學院教授，碩士研究生導師，主要研究方向為病原體感染受體分子生物學；傳病蚊媒雌雄蚊差異基因組研究;同時擔任廣東省寄生蟲學會理事，深圳市傳染病與寄生蟲學會副主任委員，中國熱帶醫學雜誌、熱帶醫學雜誌編委等社會職位；先後在國際刊物Infection and Immunity, BBC, Cancer Research, Internationl Parasitology, parasitol Immunity 等刊物發表多篇有影響的論文，1998年獲日本大幸醫學獎。先後主持International Foundation for Science(國際科學基金)、教育部等科研課題；獲得省科技進步二等獎壹項，市科技進步二等獎兩項。
☆何雅青研究員：現任廣東省預防醫學會醫學病毒學會副主任委員、中華流行病學雜誌特邀審稿專家、“中華臨床與衛生”雜誌副主編，深圳市預防醫學會病原生物學專業委員會副主任委員、深圳市防治人畜***患傳染病專家組成員，深圳大學生命科學學院和華中科技大學同濟醫學院碩士生導師，深圳市醫學繼續教育中心兼職教授，為享受深圳市政府特殊津貼專家。在脊髓灰質炎病毒、輪狀病毒、諾沃克病毒、腺病毒、腸道病毒71型、SARS病毒及溯源研究方面做了大量的工作。有20余篇論文發表在國家壹級雜誌上，3篇論文發表於國外雜誌上，其中論文《華南地區動物SARS樣病毒的分離與鑒定》發表在Science雜誌上。在研課題兩項，參與國家“973”計劃項目和國家科技攻關計劃課題各壹項。獲深圳市科技進步壹等獎壹項、二等獎兩項。
☆張建清主任醫師，博士，是深圳市疾病預防控制中心二惡英重點醫學實驗室的學術帶頭人。現為廣東省質譜學會理事、深圳市保健科技學會理事、深圳市實驗醫學專業委員會理事、深圳市營養學會理事、深圳市預防醫學會理化檢驗專業委員會委員。以第壹作者在國內外核心期刊雜誌發表學術論文***計24篇，參與編輯專著1部。先後承擔和參與國家、省、市級科研立項課題***計11項，同時獲得國家、省級和市級科技成果獎***計三項。 ☆中山大學的博士後流動站。
☆已同以下高校建立高等院校教學基地（含研究生、本科生）：香港中文大學公***衛生學院、華中科技大學同濟醫學院公***衛生學院、中山大學公***衛生學院、四川大學公***衛生學院、深圳大學生命科學學院、中南大學公***衛生學院等。
☆***培養博士研究生23名、碩士研究生30多名、博士後3名。
遷地重建：
目前，壹個占地3.18萬平方米、建築面積4萬平方米，由壹棟綜合業務樓、壹棟預防醫學門診樓、壹棟後勤服務樓和三棟實驗樓組成的新的疾控中心遷址重建工程正在建設之中，預計至2008年，壹個全新的、現代化的深圳疾控中心將在瑭朗山綠樹紅花的映襯下，呈現在世人面前。