首先，兩者的本質不同:
1.貨幣基金的本質:是集合社會閑散資金，由基金管理人運作，由基金托管人保管的開放式基金。它專門投資於低風險的貨幣市場工具，區別於其他類型的開放式基金，具有高安全性、高流動性、穩定盈利性和“準儲蓄”的特點。
2.債券基金的本質:指專門投資債券的基金。它通過集中眾多投資者的資金，對債券進行組合投資，尋求相對穩定的回報。
第二，兩種投資對象不同:
1.貨幣基金的投資標的:貨幣基金的資產主要投資於短期貨幣工具(壹般在壹年以內，平均期限為120天)，如國債、央行票據、商業票據、銀行定期存單、政府短期債券、企業債券(信用等級高)、同業存款等短期有價證券。
2.債券基金的投資標的:在我國，債券基金的投資標的主要是政府債券、金融債券和企業債券。
第三，兩者的特點不同:
1，貨幣基金的特點:
(1)使普通投資者能夠方便地參與銀行間債券、公司債、可轉債等產品的投資。這些產品對小資金有各種不方便的限制，買債券基金可以突破這個限制。
(2)在股市低迷的時候，債券基金的收益仍然非常穩定，不受市場波動的影響。因為債券基金投資的產品收益很穩定，所以對應的基金收益也很穩定。當然這也決定了它的收益受制於債券的利率，不會太高。公司債年利率在4.5%左右，扣除基金運作費用後，年收益率可保證在3.3%-3.5%之間。
(3)只有長期持有，才能獲得相對滿意的收益。
(4)股市暴漲時，收益仍穩定在平均水平，低於股票型基金。當債券市場波動時，甚至有虧損的風險。
2、債券基金的特點:
(1)本金安全。大部分貨幣市場基金在各類基金中風險最低，貨幣基金合同壹般不保證本金安全，但實際上由於基金的性質，貨幣基金在現實中很少會損失本金。壹般來說，貨幣基金被視為現金等價物。
(2)強大的資金流。流動性堪比活期存款。基金買賣方便，資金到賬時間短，流動性很高。壹般贖回後壹兩天資金就能到賬。目前已有部分基金公司開通了貨幣基金即時贖回業務，當天即可到賬。
(3)投資成本低。買賣貨幣市場基金壹般免手續費，申購費、認購費、贖回費均為零，資金進出非常方便，既降低了投資成本，又保證了流動性。第壹次認購/申購1000元，第二次申購增加100元。
(4)股息免稅。大部分貨幣市場基金始終是1元面值，每天計算收益，每天都有利息收入。投資者享受復利，而銀行存款只是單利。每月分紅作為基金份額結轉，分紅免征所得稅。
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