從1999年開始，人民銀行總行對公司進行了直接指導和大力支持。首旅集團和北京富邦實施了對公司的股權重組。2001年1月12日，召開了重組後新股東參加的公司股東大會，選舉了新的董事會人員，會上確立了公司的發展戰略目標和經營管理方針。 2001年7月26日，中國證監會下發《關於同意江西省證券公司增資、更名並遷址的批復》：公司註冊資本金將增至10.05億元；公司更名為“世紀證券有限責任公司”；註冊地址改為廣東省深圳市。
世紀證券已在深圳建立了總部，在北京、上海、南昌等地同時建立了地區業務總部，搭建起必要的組織及人員架構，增資擴股工作完成後，根據證監會的有關規定和先例，世紀證券將比照綜合類券商開展各項業務。 世紀證券投資銀行作為公司三大核心業務之壹，確立了為企業提供“戰略重塑、收購兼並、行業咨詢、價值重置、改制重組、發債募資、募股上市”等全方位服務的宗旨。“讓最好的企業成為世紀的客戶，讓世紀的客戶成為最好的企業”是世紀投行在資本市場孜孜以求的信條。
世紀證券“大投行”體系在區域分布上，建立了以北京、上海、深圳作為核心的地區業務總部，業務範圍輻射中國經濟最發達的長江三角洲、珠江三角洲以及華北的環渤海經濟圈。投行主體系外輔之以長沙、南昌、成都的子投行體系，全面覆蓋中國改革的新熱點區域西部及中部地區。
世紀證券“大投行”體系在功能建立上，實施債券、並購、股權融資三大業務並舉發展的戰略模式，全面革新傳統的“條塊分割”的老模式，致力打造壹支“功能全面，服務周到，業務精湛，勇於創新”的大投行隊伍。
固定收益：世紀證券為財政部國債承銷團的成員之壹，也是中國企業債券市場為數不多的擁有主承銷資格的券商。繼為首旅集團、中國通用集團、中國長航集團各自發行10億元債券、為國家承銷20億元國債（04）之後，世紀證券的固定收益部還將為壹些特大型企業發行企業債。
企業並購：已經為中集集團、首都旅遊集團的內部資產整合及外部資源擴張提供有力的財務顧問支持，還將為壹些特大型企業進行體制、財務、業務、資產的全面整合提供服務。
企業融資：通過實施“核心客戶戰略”，在為客戶發掘價值、創造價值的同時，積極為客戶配置資源，世紀證券的企業融資業務必將走出壹條自己的客戶培育之路，與客戶在資本的海洋中***同成長，***同發展；繼為南方航空、三壹重工、中集股份等在資本市場募集過百億元資金後，將為山東黃金、海欣股份、湘瓷科技等壹批後起之秀打開資金之門。 依托公司日益壯大的資本實力和靈活的經營機制，世紀證券經紀業務不斷發展。為了搭建職能完備、布局合理的綜合業務平臺，世紀證券在整合傳統經紀業務管理、營業網點建設、市場營銷策劃、產品銷售推廣、機構客戶開發等工作職能的基礎上，將原市場部和經紀業務部合並為金融市場總部，並努力優化營業網點布局，形成了以北京、上海、深圳、成都、南昌五大業務中心為支點,連接21家分支機構，輻射全國14個主要大、中城市的優化布局。
世紀證券經紀業務壹直致力於提升專業服務品質，並期望以專業的服務為客戶創造價值。具備包括深滬A股、B股、基金、企業債券、國債、企業債回購、國債回購等在內的所有投資品種交易渠道；快速、高效的市場資訊和專業、精湛的分析師隊伍為投資者提供壹流的咨詢服務。世紀證券經紀業務各項指標在同行中的排名大幅提升。截止2004年7月，世紀證券在上海證券交易所的會員總交易額排名中上升至第7位，客戶托管市值70億元，市場占有率達到了5.315‰。 世紀證券綜合研究所擁有壹支高水準的研究隊伍，90%的研究員具有證券行業5年以上從業經歷，30%以上的研究員具有海外留學背景。綜合研究所以公司研究和行業研究為重點，以公司大投資業務和各類客戶為服務對象，及時提供各類投資策略和投資價值分析報告。
綜合研究所利用深圳、上海作為證券交易所所在地經濟發達、信息渠道多的優勢和北京作為國家政治中心、政策來源地的優勢，建立了以深圳、北京和上海為中心，覆蓋全國的調研網絡。世紀證券綜合研究所在研究方法上堅持以基本面分析為主，重視定量分析，將國際通用的財務分析體系和國外流行的數量模型應用於行業和公司研究分析之中，在生物醫藥、旅遊、銀行、建材、食品等行業已經樹立了研究品牌。