（壹）執行國家財務規章制度，擬定基金會內部財務管理方法，對基金會各項財務活動進行管理和監督。
（二）負責基金預、決算管理，如實反映基金會財務收支情況，保證基金會各項工作的順利進行。
（三）按照國家法律和政策規定，做好基金運籌增值工作，擴大基金來源，提高資金使用效益。
（四）負責基金會資產管理，確保各項資產的安金與完整，防止國有資產流失。第四條 基金會的財務管理工作，接受國家財政、審計及上級有關主管部門的指導和監督。二、基金本金管理第五條 博士後基金本金來源主要由財政撥款、各類捐款和利息回存等組成。第六條 博士後基金本金不得直接列支使用，每年資助金、管理費等各項開支按規定由基金本金利息等收入支付。第七條 由財政撥款形成的基金本金（含由利息回存本金部分）必須存入國家銀行或以購買國庫券等無風險方式運作，確保基金本金的安全。
由非財政撥款形成的基金本金（含由利息同存本金部分，可以在保證資金安全的前提下，依法采取適當運作形式，獲取較大收益。但不得用於購買股票、風險債券及其他風險性投資。）
對於有指定用途的捐贈收入可以按出資方指定的方式依法使用資金。第八條 嚴格基金本金運作項目的審批制度。使用基金本金進行存款、購買國庫券等須由基會會秘書長審批；數額在100萬元以上（含100萬元）的非財政撥款形成的基金本金運作，須經專家論證後報博士後管委會主任和主管副部長審批後執行。第九條 基金本金在“專用基金－－其他基金”會計科目中核算，並可設立明細科目，以核算不同性質的基金本金。第十條 基金會須定期按照主管部門規定的統壹格式和要求將基金戶和管理費戶合並編制財務報告。三、預算管理第十壹條 基金會年度預算由收入預算和支出預算組成。第十二條 編制收支預算必須按照以收定支、收支平衡、統籌兼顧。保證重點的原則，不得編制赤字預算。第十三條 收入預算以當年基金本金運作形成的利息等收入為限測算編制；支出預算根據博士後事業發展計劃、管理需要和財力可能測算編制。第十四條 基金會年度預算報人事部審核匯總後，由人事部報科技部、財政部審核批準後執行。第十五條 基金會年度預算壹經批準，壹般不得調整。如確需調整，需按國家規定的程序報批，經批準後方可調整預算。四、收入管理第十六條 基金會的收入包括：
（壹）財政補助收入，即從財政部門取得的財政資金，包括用於增加基金本金的資金和直接列支用於補助資助金開支的資金。
（二）上級補助收入，即從上級主管部門取得的具有指定用途的非財政補助收入，包括用於增加基金本金的資金和用於其他開支的資金。
（三）事業收入，即通過依法開展業務活動取得的收入。
（四）利息收入，即基金本金銀行存款、購買國庫券等產生的利息收入。
（五）捐贈收入，即接受國內外各種機構或個人捐贈用於增加基金本金的資金。
（六）經營收入，即事業單位在專業業務活動及輔助活動之外開展非獨立核算經營活動取得的收入。
（七）其他收入，即上述規定範圍以外的各項收入。第十七條 基金會組織收入要嚴格遵守國家政策法規和財務制度規定，各項收入的來源應當合法，有關收入要按規定使用財政部門或稅務部門統壹印制的票據。第十八條 基金會分別設立外匯和人民幣基本結算帳戶，各項收入要及時入帳，全部納入單位預算，統壹管理，分項核算。五、支出管理第十九條 基金會的支出包括：
（壹）資助金支出，即按規定用於資助博士後研究人員開展科研工作的支出。
（二）管理費支出，即基金會為管理基金所發生的支出。
（三）大型活動支出，即圍繞博士後工作開展的大型宣傳、展覽、表彰、會議等的支出。
（四）經營支出，即事業單位在專業業務活動及其輔助活動之外開展非獨立核算經營活動發生的各項支出。
（五）其他支出，即上述規定範圍以外的各項支出。