1、 收取方式不同。政府性基金壹般不與被征收主體發生直接管理或服務關系;而行政性收費與提供具體服務或行使管理職責相聯系。
2、收入特性不同。政府性基金屬於非補償性的，是政府憑借行政權力強制地、無償地征收，與具有特定目的的稅收性質相同，是比較典型的“準稅收”;而行政性收費除專項收費外，壹般具有補償性特點。
3、收入來源不同。政府性基金的征收渠道和形式較多，既有以稅收、價格為載體征收，也有按銷售(營業)收入、固定資產原值、工資或政府非稅收入的壹定比例收取。而行政性收費收入壹般只能來源於被管理或服務對象。
4、資金規模和使用方式不同。政府性基金征收數額壹般都比較大，具有專門用途，嚴格實行專款專用，不得挪作他用。行政性收費數額壹般較小，用於相關管理或服務中的開支。
行政規費
行政規費是指政府機關為某些特定的單位和個人提供相應服務所收取的費用，如辦理結婚證、護照等收取的工本費、手續費等。這些收費主要是配合國家對有關行為、活動的統計、管理，並適當彌補政府管理成本費用，不以增加政府收入為目的。
所謂行政規費，是指附屬於政府部門各種行政活動的收費，包括外事規費(如護照費)、內務規費(如戶籍規費)、經濟規費(如商標登記費、商品檢驗費等)、教育規費(如學雜費、畢業證書費等)、其他行政規費(如會計師、律師、醫師執照費等)。