作為壹種特殊形式的中介機構，科技孵化器的基本任務是為被孵化企業提供各種外部資源的服務。被孵化企業對外部資源的需求壹般應包括：
1、創業支持：包括企業創辦手續服務、基礎條件的提供等；
2、咨詢與培訓：包括政策、財務、稅務、人事管理的咨詢及相應的培訓等；
3、要素資源服務：包括人才、技術、產品、資金和市場協作網的建立和有效服務；
4、信息化服務：包括建立數字化網絡平臺、提供網上培訓、展示、電子商務服務等。
孵化器要進行服務方式的創新，引入社會力量為孵化器及其在孵企業提供服務，推進孵化服務的社會化。孵化器要發揮自己的優勢，對於自身沒有優勢的服務項目，要充分發揮和借助社會機構的力量，引入專業化的服務；要探索有償服務的方式和方法，通過有償孵化服務促使孵化器提高服務質量和服務效率，使在孵企業能獲得水平和質量不斷提高的個性化孵化服務。
二、建立和完善科技孵化器公***技術服務平臺
創業企業壹般不具備購置大中型儀器設備和開發工具的能力，缺少公***技術開發和技術服務平臺已經成為制約創業企業技術創新水平提高和創新能力完善的障礙之壹。
1、孵化器要把建立和完善公***技術服務平臺納入孵化器基本建設內容，逐步建立包括公***實驗室、中試車間、大型通用儀器和通用測試平臺在內的技術創新和孵化條件；
2、要強化產學研合作機制，通過與周邊相關的科研單位，大專院校建立制度化的技術支持網絡系統，幫助被孵化企業解決相關的技術問題；
3、要結合各地區的產業和技術資源優勢，大力發展各種類型的專業孵化器，要在建立生物、軟件和IC設計等專業孵化器的基礎上，提供專業化技術服務設施和條件。
三、拓寬和健全融資渠道，著力填補市場空白
資金短缺是很多企業發展面臨的突出問題。科技孵化器要針對科技型中小企業資金需求的特點，重點解決市場化融資中的“空白”和“瓶頸”。
1、要切實發揮政府資助的作用
壹是中央和地方政府的各類專項資金要把資助動機更多地轉向商業性資本不敢或不願意投入的方面，多壹些“雪中送炭”，少壹些“錦上添花”；二是要把目前的獎勵性資助為主的方式轉移到風險補償為主的資助方式上來，把政府資助作為引子和補償金，通過降低社會資本進入的風險，引導各類投資和金融機構增加對孵化企業的資本投入。
2、科技孵化器要成為融資的“媒介”
科技孵化器不僅要建立自身的孵化基金，更重要的是在吸引外部資金方面起到媒介的作用。對被孵化企業而言，孵化器要針對企業的發展狀況，指導企業有效地利用各種融資渠道；對資金的供給方面而言，孵化器應通過自身的良好信譽和判斷能力，為投資者提供客觀的咨詢意見，促進和提高融資的成功率。
四、建立多層次科技孵化載體，提高孵化速度和成功率
近年來，盡管科技孵化器的數量和面積每年都呈大幅上升的趨勢，但依然不能滿足需求，重要的原因之壹是企業的孵化周期延長；而另壹方面，如何衡量孵化成功也是實際操作中難以把握的尺度。筆者認為，具備孵化畢業條件的企業至少要在經費上實現了較為穩定的現金流，具備進行規模化生產的資金和物質條件。而實際上要達到這些條件，對大部分被孵化企業來說至少需要 3 ～ 5 年的時間。同時，隨著企業的成長，適合於初創期企業的孵化條件已難於滿足成長期企業的需求。因此，需要根據企業成長的不同階段，建立多層次孵化載體：
1 、項目和企業初級科技孵化 —— 培育能獨立參與市場競爭的小企業；
2 、小企業的加速孵化 —— 培育具有壹定競爭力的、比較規範的現代企業；
3 、企業的海外孵化 —— 培育以跨國經營為目標的企業。
當前，特別需要通過建立和完善加速孵化和海外孵化這兩個層面的孵化器工作，提高被孵化企業參與競爭的適應和生存能力。
五、明確功能定位，完善運營機制
壹般而言，科技企業孵化器以培育科技型企業和企業家作為自身的主要目標，同時還有促進高新技術產業的發展和創造新的就業機會的使命。因此，孵化器具有承擔社會公***利益的責任。盡管目前也有壹些以營利為目的的商業性孵化器，但其運行模式決定了不可能完全替代與其相對應的政策性（或稱非營利性）孵化器的功能，政策性孵化器在相當長壹段時間將成為中國孵化器的主流形式。筆者認為，辦好政策性孵化器，需要正確處理好以下幾個關系：
1．政府與孵化器的關系
政策性孵化器承擔的社會公***利益的責任實質上是政府管理職能的延伸，而孵化器又是獨立於政府的社會經濟組織。因此，政府應通過政策和法規對孵化器進行間接的調控來實現管理的職能；而以政府投資為主體的政策性孵化器有責任傳導政府的意圖，執行政府的政策和法規。
2．政策性功能和市場化運作的關系
政策性孵化器在實現政策性功能的同時也必須實現財務上的收支平衡，所以政策性孵化器必須運用市場化手段來提高資源的配置效率，通過市場化運作提高資源配置的有效性、合理性，並以此約束自身提高服務質量。必須指出的是，追求過高的經營利潤將會提高創業者的成本，而大幅度的減免收費對創業企業的成長並非真正有利。
3．社會公***利益最大化與利潤最大化的關系
孵化器獲取經濟效益的目的不在於體現投資的回報，而是有利於孵化器的良性循環。因此，降低運營成本，保持低的贏利水平就應當成為政策性孵化器的基本經營理念。政策性孵化器必須兼顧經濟效益和社會效益，近期利益和遠期利益，局部利益和整體利益。
特別值得註意的是，目前壹部分孵化器為體現“形象”，硬件建設出現“豪華化”的傾向，這不僅不利於孵化器自身的良性發展，同時會對創業企業產生諸多的不利影響。因此，在確保創業企業獲得到有效服務的前提下，實現孵化器自身合理的利潤將是實現社會公***利益最大化的關鍵。
總之，政策性孵化器應當是以政府投資為主體、以社會公***利益為已任，以市場化方式運作，能夠實現財務平衡的社會經濟組織。