1. 園藝植物菌根資源多樣性、分類及應用潛力研究
1996 - 2006年，先後在日本國際教育協會（AIEJ）短期學生交流推進制度和平友好獎學金項目、中國博士後科學基金項目“三峽庫區（湖北段）柑桔優勢叢枝菌根真菌資源及其離體培養技術研究（2003034492）”、重慶市科委自然科學基金項目“AM真菌與柑桔轉型根雙重培養體系的建立及產孢機理研究（CSTC: 2005BB1133）”等基金的資助下，菌根，分別在園藝植物（柑桔類、桑樹和藥用植物）菌根資源的多樣性、分類、離體培養體系建立、生長促進物質的分離與鑒定、根與叢枝菌根真菌之間的信號物質與傳導機理、菌根（柑桔、桑樹、中藥材）生理生態、逆境中菌根的生態修復功能與應用潛力（耐貧瘠耐幹旱耐高溫、促進生長、提高種苗和果實品質）等方面開展了壹系列的研究。在叢枝菌根真菌菌絲生長特性研究的方法學、三峽庫區和石漠化地區菌根植物的生態修復功能與應用潛力等方面有突出的研究。
2. 園藝植物生殖生物學、系統演化、評價和利用
1985 - 2005年，主研國家自然科學基金項目《蘋果和蘋果屬植物的起源演化》、《世界蘋果屬植物種的多型性特征及種質特性研究》及其他省部級科研項目多項，對蘋果屬植物的形態學、系統分類學、孢粉學、小金海棠的無融合生殖特性等進行了較為系統的基礎研究，提出蘋果屬植物的孢粉大小、外壁紋飾和P/E值是該屬植物分類和系統演化研究中的重要參考特征。作為項目的主要完成者之壹，蘋果屬植物重要砧木資源小金海棠的研究成果於1986年獲農牧漁業部科學技術進步獎三等獎，蘋果和蘋果屬植物的起源演化及種的多型性特征和種質特性研究成果於1999年獲得了教育部科技進步二等獎（第五完成人）。研究成果收入《中國果樹誌 - 蘋果卷》、《蘋果學》和《蘋果屬植物種質資源研究》中。有關蘋果屬孢粉學及其對蘋果屬植物系統演化的貢獻研究成果，被瑞典國家博物館收藏。
3. 園藝作物遺傳轉化及應用研究
在中國博士後科學基金項目“三峽庫區（湖北段）柑桔優勢叢枝菌根真菌資源及其離體培養技術研究（編號：2003034492）”、重慶市科委自然科學基金項目“AM真菌與柑桔轉型根雙重培養體系的建立及產孢機理研究（編號9069）”等基金的資助下，對長壽沙田柚、枳殼、檸檬、紅桔等柑桔外植體的遺傳轉化進行了較為系統的研究，建立了長壽沙田柚轉型根優化培養體系，獲得了長壽沙田柚Ri T-DNA轉型根。目前重點是對柑桔及重要藥用植物的Ri T-DNA轉型根遺傳穩定性和克隆個體繁殖特性等開展深入的研究，為多種柑桔的高親和性叢枝菌根真菌的離體純培養建立多樣的優良培養體系，並為重要藥用植物根系的重要代謝產物實現工廠化規模生產提供重要的理論和應用依據。
4. 果汁中酵母菌形態多樣性及其分子鑒定研究
在國家支撐計劃項目（2007BAD47B07-01）的資助下，對分離自橙汁中的腐敗酵母菌及其菌落形態發育的動態特征、酵母基因組制備的優化條件、分子鑒定等開展了系列的研究。發現不同菌株的菌落具有各自穩定且特定的發育特征，同壹菌株不同培養時期的菌落, 其形態結構有差異，隨著培養種類和時間的延長，菌落大小、色澤、質地、中部、邊緣以及菌紋都將發生較大的變化，具有多樣性。認為菌落的發育特征對酵母菌株鑒定具有直觀性特征，結合與細胞形態、子囊孢子、假菌絲等特征的分析, 能將橙汁酵母菌進行初步的鑒定；以自橙汁中分離的酵母菌株為材料，研究不同的培養基、培養容器、培養時間、菌液量和菌液濃度對酵母菌基因組DNA 提取質量的影響，建立了酵母菌基因組DNA優良提取體系；用引物ITS1/ITS4擴增酵母菌株5.8S rDNA及其ITS間隔區(5.8S-ITS)，對擴增產物用HhaⅠ、HaeⅢ和HinfⅠ進行限制性酶切片段多態性(RFLP)分析和測序；用引物NL1/NL4 擴增26S rDNA D1/D2 區並測序。認為結合形態和核酸分析，能有效鑒定酵母菌，核糖體DNA分析可鑒定酵母到生物學種，菌落形態特征可反映種以下的遺傳差異。
5 經濟作物栽培技術研究及應用推廣
結合地方經濟社會發展的需要，對重要的經濟植物植物(如鐵皮石斛、黃精、蒼術、半夏等)的栽培技術、基地建設、食用菌代料栽培資源高效利用技術等開展研究、應用和推廣。