(1)辦公室
組織協調局的日常工作；負責辦理市政府市民服務熱線辦公室交辦的文電、會議、機要、檔案、安全、保密、信息、監察、信訪、政府信息公開及轉辦事項；負責綜合性稿件的起草；負責辦理有關NPC代表和CPPCC委員的建議；組織重大科技工作的研究；負責科技宣傳、科技應急管理、國防科技動員等工作；指導科技信息數據庫和網絡建設。
(2)政策法規司
起草科技工作的地方性法規草案；負責相關規範性文件的合法性審核；承辦相關的行政復議和行政訴訟；會同有關部門推進科技體制改革和創新體系建設；組織實施技術創新，引導工程技術人員為企業服務；承擔相關科研機構設立和調整的審核工作；承擔民辦非企業單位和科協的審核和業務指導工作；承擔科技進步評估工作；會同有關部門制定科技人才隊伍建設的規劃和政策；指導全市科技培訓工作；制定全市科普工作的規劃和政策並組織實施；制定促進科技知識產權創造的政策和措施；組織實施全市軟科學研究計劃。
(3)組織人事部門
負責局機關和直屬單位的機構、人事、組織、教育和培訓工作；負責局機關退休人員的管理和服務工作，指導下屬單位退休人員的管理和服務工作。
(4)發展規劃辦公室(隸屬基礎研究辦公室)
制定全市科技發展戰略規劃和年度科技計劃並組織實施，組織和指導科技發展綜合規劃、專業規劃和專項規劃的編制；提出應用技術研究開發資金和科技發展資金的安排建議；組織協調重大科技項目的立項；協調全市重大科技項目；制定全市科技基礎平臺規劃並組織實施；負責國家級新產品的申報和新產品財政扶持資金的申報；負責科技統計工作。
制定基礎科學研究的規劃和計劃並組織實施；負責各級重點實驗室和科研實驗區的規劃和管理；申報國家、省重大基礎研究項目和國家、省重點實驗室；協助管理國家和省在經濟上設立的科研中心和工程技術研究中心。
(5)有條件的金融辦公室
擬訂市級科技投入、科研條件保障和科技經費管理的規章制度；負責編制本部門及所屬事業單位的預算和決算，並監督預算的執行；負責本局的財務管理和資產管理；負責各類科技計劃和專項資金的管理和監督；指導局機關及所屬科研院所的財務管理和內部審計工作；負責組織大型科研儀器設備的管理與協作；參與技術、財務和科研條件的建設規劃和實施管理。
(6)科技合作辦公室
擬訂國內外科技合作與交流的規劃和政策並組織實施，組織有關科技團體申報出國計劃；組織實施國際科技合作計劃，搭建國內外科技合作平臺，推進產學研合作；承擔市政府與國內知名高校和科研機構科技合作的具體工作；開展雙邊和多邊政府與國際組織之間的科技合作與交流；會同有關部門組織技術出口、技術引進和引進技術的消化、吸收和再創新；承擔與港澳臺的科技交流；負責組織申報國家級和省級中試基地科技基地計劃，組織評審市級中試基地科技基地計劃。
(7)高技術開發和產業化司
擬訂相關領域高技術發展和產業化的規劃和政策；組織實施相關領域的高技術研發計劃、科技支撐計劃、火炬計劃等政策性計劃；組織實施高新技術研發項目和科技創新示範試點；會同有關部門，組織運用高新技術嫁接改造傳統產業，參與推動企業技術進步；會同有關部門認定高新技術企業和技術先進型服務企業；會同有關部門管理科技型中小企業創新基金和高新技術風險投資基金；承擔高新技術產業開發區、大學科技園、高新技術創新服務中心、生產力促進中心、工業工程技術研究中心的管理工作。(八)農村科技處(掛社會發展科技處牌子)
制定科技促進農村發展的規劃和政策；組織實施相關領域的高技術研究發展計劃、科技支撐計劃和政策性科技計劃；指導相關重大科技成果的轉化、應用和示範；推進農村科技服務體系建設；承擔農業高新技術產業示範區、農業科技園區和農村農業領域工程技術研究中心的相關管理工作。組織實施全市星火計劃。
擬訂社會發展領域的科學技術發展規劃和政策；組織實施相關領域的高技術研究發展計劃、科技支撐計劃和政策性科技計劃；組織實施社會發展項目和科技創新示範試點工作；促進生物技術的發展和產業化；協調應對氣候變化的科技對策；承擔可持續發展實驗區、先進示範區和社會發展工程技術研究中心的相關管理工作。