然而，邱紀芬並不認可基金會的“指控”，認為公開信多處不實，侵犯了自己的名譽權和隱私權。
接受中國青年報·中青在線記者采訪的有關專家認為，索瑪基金會遇到的問題並不是個案，被披露出來是好事，值得其他公益組織吸取教訓。
索瑪基金會：前員工涉嫌侵占5000元善款
2017年3月8日，索瑪基金會在其官方微信號發布了《四川省索瑪慈善基金會就“邱紀芬事件”致社會的壹封公開信》（以下簡稱“公開信”），稱前工作人員邱紀芬存在“涉嫌利用職務之便，侵占善款；隱瞞身份，涉嫌偽造證據，欺騙基金會；盜取基金會資料，誘騙捐助人，私自發起其他項目；拒絕履行離職手續，拒絕交出其負責工作的相關資料，為其繼續不正當騙取捐款提供方便”等行為。
公開信指出，2016年9月21日，邱紀芬到四川省某地發放“壹對壹助學”善款時，本應為每個學生發放2000元，但在事後回訪時，基金會發現5名學生雖然簽收2000元，實際上每人僅拿到1000元。索瑪基金會認為，邱紀芬涉嫌侵占5000元善款。
對此，邱紀芬向記者解釋，她在給孩子們發善款期間，另壹個資助項目“作業本計劃”的工作人員表示也在資助當地孩子，可能存在重復資助的情況。因此，她向孩子們承諾先發1000元，等核對名單後，如果沒有重復資助，就下學期再給1000元。而對於讓孩子在2000元的簽收單上簽字的行為，邱紀芬承認“自己當時的處理方式有壹點問題，但初衷是好的，也從沒想過侵占善款”。
2016年11月，索瑪基金會在回訪過程中發現此事後，邱紀芬承認並說明了情況，提出可以由相關負責人或基金會財務部門保管這筆資金，但需要出具相應證明，該事“後來就不了了之”。離職期間，邱紀芬拒絕將5000元善款直接歸還基金會，而是表示要與基金會工作人員壹起，將善款交給孩子本人，因為“這是我承諾過他們的”。