根據上述職責，市民政局設以下內設機構：
辦公室（法制科、老區辦）：協助局領導組織、管理、協調機關日常工作；負責機關文電、會務、接待、後勤、機要、檔案、信訪、政務公開、督查督辦、政務協調、安全保密、應急管理和新聞宣傳等工作；綜合協調人大代表建議、政協委員提案的辦理；承擔民政信息化建設工作；按照行政獎勵的有關規定和程序，承辦全市民政系統先進單位評比表彰活動；組織開展政策調研；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔行政復議和行政應訴工作；負責老區經濟開發工作及項目的論證、呈報；初審、管理並監督使用老區開發資金。
財務審計科：擬訂全市民政事業改革與發展規劃及民政基礎設施建設標準；擬訂民政事業資金管理辦法和民政事業資金管理相關制度，監督檢查民政事業資金分配、管理、使用，督促民政事業資金指標落實；管理市本級彩票公益金，檢查監督彩票公益金的使用；負責局機關財務和國有資產管理；指導直屬單位財務和國有資產管理；負責民政事業資金審計和民政統計工作。
民間組織管理局：按照管轄權限負責全市性社會團體、基金會、民辦非企業單位的登記管理和執法監察；查處非法民間組織和民間組織的違法行為；承擔民間組織信息管理；指導和監督區縣（市）對社會團體、民辦非企業單位的登記管理和執法監察工作。
優撫科：組織實施優撫工作法律、法規及政策；負責各類優撫對象的撫恤、優待、補助和公務員、人民警察以及參照公務員法管理的國家機關工作人員的傷殘撫恤管理工作；負責烈士褒揚和烈士傳編纂工作；負責退役軍人等有關人員的傷殘等級評定初審工作；指導優撫醫院、光榮院等優撫事業單位的建設和管理工作。
雙擁辦：組織實施雙擁工作法律、法規及政策；指導全市擁軍優屬工作；組織指導全市開展創建雙擁模範城（縣）工作；指導軍民***建活動，協調軍地關系；承擔市雙擁工作領導小組日常工作。
復員退伍軍人安置科：負責國家有關復退軍人安置法律、法規和政策的貫徹落實；負責軍隊退役士兵、轉業士官、復員幹部的接收安置工作；指導退役士兵、轉業士官的培訓和就業工作；指導復員退伍軍人接待站的建設與管理工作。
救災救濟科：擬訂全市救災減災工作規劃、政策；組織、協調救災減災工作；組織自然災害救助應急體系建設；組織災情核查、統計上報和統壹發布災情；承辦中央、省、市下達的救災款物管理、分配及監督使用；組織和指導全市性救災捐贈；會同有關方面組織協調緊急轉移安置災民、農村災民毀損房屋恢復重建補助和災民生活救助；會同有關部門組織實施農村危房改造工作；指導救災物資儲備工作；承辦市級生活類救災物資儲備和中央、省級生活類救災物資代儲工作；開展市內外減災合作與交流；承擔市減災委員會辦公室的具體工作；指導60年代精減退職老職工生活救濟補助工作。
基層政權和社區建設科（區劃地名辦）：研究提出加強和改進城鄉基層政權建設的建議；指導村（居）民委員會民主選舉、民主決策、民主管理和民主監督工作，推動村（居）民自治和基層民主政治建設；組織城鄉社區建設和服務管理工作；監督全市行政區劃、行政區域界線、地名管理法規和規章的實施；擬訂行政區劃規劃；負責全市行政區域界線的管理和勘定；負責全市法定行政區域界線爭議的調查和調處；負責全市地名命名、更名及地名標誌的設置和管理；負責市內行政區劃圖和標準地名圖書資料的審核。
社會福利和社會事務科：擬訂社會福利和社會事務發展規劃、政策並組織實施；擬訂老年人、孤兒和殘疾人等特殊困難群體權益保護政策；指導福利機構建設和管理；指導福利彩票發行管理；擬訂社會福利企業扶持政策；認證審批並管理轄區內社會福利企業，保障殘疾職工合法權益；貫徹執行國家婚姻登記、兒童收養、殯葬管理和生活無著人員救助政策，擬訂相關制度並組織實施；推進婚姻和殯葬改革；指導涉港澳居民婚姻登記工作；指導、協調生活無著的救助管理和流浪未成年人的救助保護工作；承擔全市婚姻登記信息管理；指導婚姻、殯葬、收養、救助服務機構管理，辦理涉港澳臺和華僑收養登記。
市老齡工作委員會辦公室：擬訂老齡事業發展規劃及有關政策，指導、協調全市老齡工作；協調和推動有關部門加強老年人社會保障工作；指導老年人維權保障工作；指導社會力量興辦社會養老服務機構，指導社會化養老工作；開展老齡宣傳表彰工作；表彰、督促和檢查各區縣（市）老齡工作。
人事科（社會工作科）：負責局機關和直屬單位的人事管理和機構編制等工作；擬訂並組織實施全市民政系統人員培訓規劃，指導基層民政幹部職工隊伍建設；負責推進全市社會工作人才隊伍建設和相關誌願者隊伍建設；指導民政行業職業技能人才隊伍建設；負責民政科技和民政行業標準化管理工作。
離退休人員管理科：負責局機關離退休人員管理服務工作，指導直屬單位離退休人員管理服務工作。
紀檢監察室：負責局機關及直屬單位的行政、監察工作。