第二條水利建設基金是水利建設的專項基金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。中央水利建設基金主要用於關系經濟社會發展全局的重點水利工程。地方水利建設基金主要用於地方水利工程。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設項目，我國跨國河流、邊境河流重點保護工程管理投資由中央和地方共同承擔。
第三條中央水利建設基金的來源:
(壹)從車輛購置稅收入中定額提取。
(二)從鐵路建設基金和港口建設費收入中提取3%。
(三)經國務院批準用於水利建設基金的其他資金。
第四條地方水利建設基金的來源:
(壹)地方政府性基金和行政事業性收費的3%。應從水利建設基金中退出的地方政府性基金和行政事業性收費包括:車輛通行費、城市基礎設施配套費、征地管理費以及省、自治區、直轄市人民政府確定的政府性基金和行政事業性收費。
(二)經財政部批準，各省、自治區、直轄市向企業、事業單位和個體經營者征收水利建設基金。
(三)地方人民政府應當按照規定從中央財政轉移支付資金中為地方成品油價格和稅費改革安排足夠的資金，用於水利建設基金。
(4)有重點防洪任務、水資源嚴重短缺的城市，應安排不低於15%的城市維護建設稅，用於城市防洪和水源工程建設。具體比例由省、自治區、直轄市人民政府確定。
有重點防汛任務的城市有:北京、天津、沈陽、盤錦、長春、吉林、哈爾濱、齊齊哈爾、佳木斯、鄭州、開封、濟南、合肥、蕪湖、安慶、淮南、蚌埠、上海、南京、武漢、黃石、荊州、南昌、九江、長沙、嶽陽、成都、廣州、南寧。
水資源嚴重短缺的城市，由省、自治區、直轄市人民政府確定。
第五條中央水利建設基金的提取辦法按照財政部的有關規定執行。地方水利建設基金的提取和劃轉辦法，按照省、自治區、直轄市人民政府的規定執行。財政部要進壹步完善各省、自治區、直轄市向企事業單位和個體經營者征收水利建設基金的政策。
第六條水利建設基金按下列規定執行:
(壹)中央水利建設基金專項用於關系經濟社會發展全局的防洪和水資源配置項目以及國務院批準的其他水利項目；中央水利工程維護；防洪和緊急防洪。資金使用結構為:55%用於水利工程建設；30%用於水利工程維護；15%用於應急防汛，各部分資金結余可統籌安排使用。
(二)地方水利建設基金專項用於:主要江河的主要支流、中小河流和湖泊的治理；病險水庫加固；城市防洪設施建設；地方水資源配置工程建設；地方重點水土流失防治工程建設；農村飲水建設和灌區節水改造工程；地方水利工程的維修和改造；防洪和緊急防洪；省人民政府批準的其他水利工程。
第七條水利建設基金收支納入政府性基金預算管理，實行專款專用，年終結余結轉下年使用。
各級水行政主管部門應當根據水利建設規劃，編制水利建設基金年度支出預算，經同級財政部門審核後，納入政府性基金預算。財政部門根據批準的水利建設基金預算和基金的實際收繳入庫情況撥付資金。其中，水利建設基金用於固定資產投資項目，應納入固定資產投資計劃。
各級水行政主管部門應當根據年度水利建設基金預算執行情況，編制水利建設基金決算，報同級財政部門審查。
第八條任何部門和單位不得開征、減征、緩征、停征或者擠占、截留、挪用水利建設基金。各級財政、發展改革和審計部門要加強對水利建設基金征收、撥付和使用的監督檢查，對違反規定者要嚴肅處理。
第九條本辦法自2011，1起實施，至2020年1止。
第十條各省、自治區、直轄市人民政府應根據本辦法制定具體實施細則，並報財政部、國家發展改革委和水利部備案。
第十壹條本辦法由財政部會同國家發展改革委、水利部負責解釋。