玉林市和崇左市參與北部灣經濟區規劃的功能群建設，其交通物流納入北部灣經濟區整體發展。第三條北部灣經濟區旨在建設開放程度高、輻射能力強、經濟繁榮、社會和諧、生態良好的重要國際區域經濟合作區和中國沿海重要經濟增長區，加快建設中國-東盟開放合作物流基地、貿易基地、加工制造基地和信息交流中心。第四條自治區集中力量加快北部灣經濟區發展，在政策、規劃、項目、資金、技術、人才等方面給予優先支持，把北部灣經濟區建設成為廣西科學發展的先行區、改革開放的試驗區、生態文明的示範區。第五條北部灣經濟區的開放開發應當遵循以人為本、科學發展、發揮優勢、開放合作、科學規劃、保護生態的原則，遵循市場導向、集約發展、改革創新、先行先試的原則。第六條北部灣經濟區實行統壹規劃、統壹協調、分級管理、分工負責的管理體制。第七條自治區人民政府設立的北部灣經濟區管理機構，代表自治區人民政府行使與北部灣經濟區開發建設相關的管理權，統籌發展規劃、重大基礎設施建設、重大產業布局、功能區開發、相關政策制定、岸線資源開發利用等重大事項的制定和實施。
北部灣經濟區管理機構的名稱和具體職責由自治區人民政府確定。第八條北部灣經濟區應當根據區域總體功能定位和資源環境承載能力確定產業重點。鼓勵利用沿海港口優勢，引進國內外大型企業，重點發展石化、鋼鐵、林漿紙、船舶制造、電子信息、糧油加工、新能源等產業，培育壯大臨港產業集群，加快形成先進制造業基地和臨海現代物流基地。第九條創新北部灣經濟區土地利用方式，推進土地利用規劃管理制度改革，實施城鎮建設用地增減掛鉤改革試點，加強土地節約集約利用，實施農村集體建設用地流轉改革。
加強圍填海管理和調控，探索海域使用與土地管理相銜接的新機制，合理有序開發利用灘塗資源。第十條自治區優先安排北部灣經濟區建設項目用地，重大建設項目用地由自治區統籌安排。第十壹條推進北部灣經濟區金融實體建設，大力發展資本市場，努力完善金融服務體系，不斷優化金融運行環境，加快形成區域性金融中心。
鼓勵設立新型金融企業和金融服務機構；支持依法設立北部灣產業投資基金、創業投資基金和發行市政建設債券、信托產品，支持符合條件的企業上市融資和發行債券。第十二條自治區設立北部灣經濟區開放開發專項資金，支持基礎設施建設、重點工業園區和重大產業項目。
自治區有關部門財政預算安排的專項資金應當重點支持北部灣經濟區。第十三條北部灣經濟區應當創新人才發展機制，制定集聚各類專業人才的優惠政策，完善人才公共服務體系，優化人才發展環境，設立北部灣經濟區人事改革試驗區。第十四條北部灣經濟區應當大力發展現代物流業。自治區重點支持保稅港區、綜合保稅區、出口加工區、保稅物流中心等海關特殊監管區域建設。第十五條北部灣經濟區應當創新口岸管理體制，科學規劃口岸布局，全面整合口岸功能，擴大口岸對外開放範圍，優化口岸通關環境，實行口岸信息共享，協調經濟區各通關口岸實現聯動。第十六條北部灣經濟區將利用國際友好城市、國際機構、外國政府領事機構、海外僑胞、港澳臺同胞等資源，擴大國際國內區域合作，拓展更多領域，促進與東盟及其他國家和地區的經貿和文化交流。
北部灣經濟區將優化開放結構，創新合作機制，提升合作水平，規範招商引資優惠政策，鼓勵有序競爭。第十七條加快北部灣經濟區港口、航道、公路、鐵路、機場、能源、信息、水利、環保和市政基礎設施建設，完善服務和保障功能。第十八條加強北部灣經濟區教育、科技、文化、衛生、城鄉就業、社會保障等以改善民生為重點的社會事業建設，不斷提高公共服務水平。第十九條北部灣經濟區應當加強生態建設和環境保護，合理開發和節約資源，發展循環經濟，推行清潔生產，建設經濟繁榮、人民富裕、生態良好、舒適宜居的經濟區。
新建、擴建、改建項目應當遵守環境保護法律、法規，符合環境保護標準。