省級水利建設基金主要用於關系全省國民經濟和社會發展全局的江河治理，海塘等重點骨幹水利工程的建設和維護。
市、縣水利建設基金主要用於當地重點水利工程的建設和維護，中小河流的治理，重點防洪城鎮的防洪設施建設等。
水利建設基金首先用於現有水利工程的建設。第三條 省級水利建設基金的來源。
從省級收取的政府性基金（收費、附加）中提取3％。應提取水利建設基金的省級政府性基金（收費、附加）項目包括：養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓費、省級分成的電力建設基金、市場管理費、個體工商業管理費、征地管理費。第四條 市、縣水利建設基金的來源。
（壹）從市、縣收取的政府性基金（收費、附加）中提取3％。應提取水利建設基金的市、縣政府性基金（收費、附加）項目包括：養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、地方交通及公安部門的駕駛員培訓費、市縣分成的電力建設基金（包括通過電價綜合加價收取的資金）、市場管理費、個體工商業管理費、征地管理費、市政設施配套費。
（二）有重點防洪任務的城市，從征收的城市維護建設稅中劃出不少於15％的資金，用於當地城市防洪工程建設。具體比例由市、縣政府確定。
有重點防洪任務的城市指市、縣政府所在的城區或城關。
（三）市、縣政府規定的用於水利建設的其他資金。第五條 水利建設基金屬於政府性基金，按照《國務院關於加強預算外資金管理的決定》（國發［1996］29號）的規定，納入財政預算管理，專項列收列支。每年年初由省和市、縣水利部門根據水利建設規劃，向同級財政部門報送年度基金使用計劃，經同級財政部門審核報政府同意後，由財政和水利部門聯合下達資金。其中用於水利工程基本建設項目的水利建設基金，分別納入省和市、縣基本建設投資計劃，項目按基建程序審批。水利建設基金實行專款專用，年終結余可結轉下年安排使用。第六條 財政部門要建立健全水利建設基金的收支核算和日常管理制度。計劃部門要嚴格審查水利基本建設項目，加強投資計劃管理。水利部門要加強對水利建設基金投資項目的管理和監督。屬於基本建設項目的支出，年終應按規定編制基本建設財務決算，報同級財政部門審批。第七條 任何部門和單位不得任意提高水利建設基金的征收標準，不得擴大使用範圍，不得截留、擠占或挪用。各級財政、計劃、審計部門要加強對水利建設基金的監督檢查，違者要嚴肅處理。第八條 本實施辦法自1997年1月1日起實行。第九條 水利建設基金的劃轉和支出的具體辦法，由省財政廳會同省計經委、省水利廳另行制定。第十條 各市、縣人民政府根據本實施辦法制定具體實施細則，報省財政廳、省計經委、省水利廳備案。