私募股權投資是壹項長期投資，從發現項目、投資項目、到最後實現盈利並退出項目需要經歷壹個長久的過程，在整個項目運作過程中存在很多風險，如價值評估風險、委托代理風險和退出機制風險等，投資機構需要對這些風險進行管理。
1．私募股權投資的風險
在私募股權投資中，由於存在較高的委托代理成本和企業價值評估的不確定性，使得私募股權投資基金具有較高的風險。其風險問題主要包括以下幾類：
(1)價值評估帶來的風險
在私募股權投資基金的過程中，對被投資項目進行的價值評估決定了投資方在被投資企業中最終的股權比重，過高的評估價值將導致投資收益率的下降。但由於私募股權投資的流動性差、未來現金流入和流出不規則、投資成本高以及未來市場、技術和管理等方面可能存在很大的不確定性，使得投資的價值評估風險成為私募股權投資基金的直接風險之壹。
(2)知識產權方面存在的風險
這壹點對科技型企業具有特殊意義，私募股權投資尤其是創業風險投資看重的是被投資企業的核心技術，若其對核心技術的所有權上存在瑕疵(如該技術屬於創業人員在原用人單位的職務發明)，顯然會影響風險資本的進入，甚至承擔違約責任或締約過失責任。對於這壹風險，企業壹定要通過專業人士的評估，確認核心技術的權利歸屬。
(3)委托代理帶來的風險
在私募股權投資基金中，主要有兩層委托代理關系：第壹層是投資基金管理人與投資者之間的委托代理，第二層是私募股權投資基金與企業之間的委托代理。
第壹層委托代理問題的產生主要是因為私募股權投資基金相關法律法規的不健全和信息披露要求低，這就不能排除部分不良私募股權投資基金或基金經理暗箱操作、過度交易、對倒操作等侵權、違約或者違背善良管理人義務的行為，這將嚴重侵害投資人的利益。
第二層委托代理問題主要是“道德風險”問題，由於投融資雙方的信息不對稱，被投資方作為代理人與投資人之間存在利益不壹致的情況，這就產生了委托代理中的“道德風險”問題，可能損害投資者的利益。這壹風險，在某種程度上可以通過在專業人士的幫助下，制作規範的投融資合同並在其中明確雙方權利義務來進行防範，如對投資工具的選擇、投資階段的安排、投資企業董事會席位的分配等內容作出明確約定。
(4)退出過程中的風險
我國境內主板市場上市標準嚴格，對上市公司的股本總額、發起人認購的股本數額、企業經營業績和無形資產比例都有嚴格的要求；中小企業難於登陸主板市場，而新設立的創業板市場“僧多粥少”，難於滿足企業上市的需求；產權交易市場性質功能定位不清，缺乏統壹、透明、科學的交易模式以及統壹的監管，這無疑又為特定私募股權投資基金投資者增加了退出風險。
2．風險管理
私募股權投資是壹種高收益的投資方式，伴隨著高收益的是高風險。隨著私募股權投資行業的不斷發展，已經形成了許多行之有效的風險控制方法。
(1)合同約束機制
事前約定各方的責任和義務是所有商業活動都會采取的具有法律效力的風險規避措施。為防止企業不利於投資方的行為，保障投資方利益，投資方會在合同中詳細制定各種條款，如肯定性和否定性條款、股份比例的調整條件條款、違約補救條款和追加投資的優先權條款等。
(2)分段投資
分段投資是指私募股權投資基金為有效控制風險，避免企業浪費資金，對投資進度進行分段控制，只提供確保企業發展到下壹階段所必需的資金，並保留放棄追加投資的權利和優先購買企業追加融資時發行股票的權利。如果企業未能達到預期的盈利水平，下壹階段投資比例就會被調整，這是監督企業經營和降低經營風險的壹種方式。
(3)股份調整條款
與其他商業活動相同的是，私募股權投資在合同中可以約定股份調整條款來控制風險。股份調整是私募股權投資中重要的控制風險的方法，通過優先股和普通股轉換比例的調整來相應改變投資方和企業之間的股權比例，以約束被投資企業作出客觀的盈利預測、制定現實的業績目標，同時也激勵企業管理者勤勉盡責，追求企業最大限度的成長，從而控制投資風險。
(4)復合式證券工具
復合式證券工具通常包括可轉換優先股、可轉換債券和可認股債券等，它結合了債務投資和普通股股權投資的優點，可以有效保護投資者利益，分享企業成長。