“從整體來看，非公募基金會數量不夠多，素質不夠高，多數面臨能力建設困境。對內來說，內部治理有待提高，對外來講，非公募基金會公信力還不強，難獲公眾信任。”而其中最為公眾關註的，則是非公募基金會的信息披露也就是透明度問題。
“在機構治理和管理的獨立性，信息披露和公眾的信任度，以及項目的實際成效等方面，中國的非公募基金會還有相當大的提升空間。
作為公益財產的受托管理機構，信息披露是非公募基金會的應盡義務。《中國非公募基金會信息披露指南》通過對65家非公募基金會的信息披露狀況進行調研後，得出結果顯示：我國有9%的非公募基金會發起方或管理者壹直遵循機構透明和公信力，對運營行為及核心信息進行客觀完整地披露；5%的基金會由於不想被公眾過分關註寧願選擇不披露，86％的基金會則選擇了中間狀態。
調查發現，12%的非公募基金會未以任何形式進行信息披露，未披露的原因主要包括：機構負責人缺乏信息披露的法律意識；機構暫時沒有信息披露的具體負責人；業內沒有可參考的信息披露規範和指標；機構負責人認為信息披露需花費人力和財力，不願花費時間和金錢等。
此外，每個機構信息披露的程度參差不齊，其中主要原因是信息披露缺乏統壹的、規範的指標和格式，而且有些內容報喜不報憂。
據了解，2006年1月，民政部發布了《基金會年度檢查辦法》和《基金會信息公布辦法》。其中，《基金會信息公布辦法》***十六條，規定了信息公布義務人應向社會公布的信息，包括年度工作報告、募捐活動信息、公益資助項目信息等，是首次對基金會信息透明進行國家層面的管理。
目前，我國非公募基金會普遍依據上述要求進行信息披露，而公眾或資助人需要的更詳細、全面的信息則無法獲取或很難獲取。
《指南》還顯示，為了通過政府年檢，獲取捐贈資金，幾乎所有非公募基金會對政府和捐贈者的信息披露都是及時和較完備的。但對其他利益相關方，如公眾、媒體等，88％的機構選擇有所保留的披露或不披露，其余12％認為原則上應該面向所有群體披露，但執行力度仍然不夠。
而在已經披露信息的機構中，其信息披露的程度參差不齊，披露的渠道較為分散。在65家機構中，政府主管機構的網站披露信息的有39家，占60％。其余40％中，除了4家國有企業發起的、在民政部註冊的基金會之外，全部屬於在地方民政部門註冊的非公募基金會，但在民政部信息網站和地方民政信息網站都沒有其年檢信息、年度報告信息或其他信息。還有個別機構在其官方網站提供全文閱讀或下載。