Apache軟件基金會正式創建於1999年7月，它的創建者是壹個自稱為“Apache組織”的群體。這個“Apache組織”在1999年以前就已經存在很長時間了，這個組織的開發愛好者們聚集在壹起，在美國伊利諾伊斯大學超級計算機應用程序國家中心（National Center for Supercomputing Applications，簡稱為NCSA）開發的NCSA HTTPd服務器的基礎上開發與維護了壹個叫Apache的HTTP服務器。
最初NCSA HTTPd服務器是由Rob McCool開發出來的，但是它的最初開發者們逐漸對這個軟件失去了興趣，並轉移到了其他地方，造成了沒有人來對這個服務器軟件提供更多的技術支持。因為這個服務器的功能又如此強大，而代碼可以自由下載修改與發布，當時這個服務器軟件的壹些愛好者與用戶開始自發起來，互相交流並分發自己修正後的軟件版本，並不斷改善其功能。為了更好進行溝通，Brian Behlendorf自己建立了壹個郵件列表，把它作為這個群體（或者社區）交流技術、維護軟件的壹個媒介，把代碼重寫與維護的工作有效組織起來。這些開發者們逐漸地把他們這個群體稱為“Apache組織”，把這個經過不斷修正並改善的服務器軟件命名為Apache服務器（Apache Server）。
這個命名是根據北美當地的壹支印第安部落而來，這支部落以高超的軍事素養和超人的忍耐力著稱，19世紀後半期對侵占他們領土的入侵者進行了反抗。為了對這支印第安部落表示敬仰之意，取該部落名稱（Apache）作為服務器名。但壹提到這個命名，這裏還有流傳著壹段有意思的故事。因為這個服務器是在NCSA HTTPd服務器的基礎之上，通過眾人努力，不斷地修正、打補丁（Patchy）的產物，被戲稱為“A Patchy Server”（壹個補丁服務器）。在這裏，因為“A Patchy”與“Apache”是諧音，故最後正式命名為“Apache Server”。
後來由於商業需求的不斷擴大，以Apache HTTP服務器為中心，啟動了更多的與Apache項目並行的項目，比如mod perl、PHP、Java Apache等等。隨著時間的推移、形勢的變化，Apache軟件基金會的項目列表也不斷更新變化中——不斷的有新項目啟動，項目的中止以及項目的拆分與合並。比如壹開始，Jakarta就是為了發展JAVA容器而啟動的Java Apache項目，後來由於升陽公司（SUN）的建議，項目名稱變為Jakarta。但當時該項目的管理者也沒有想到Jakarta項目因為JAVA的火爆而發展到如今壹個囊括了眾多基於JAVA語言開源軟件子項目的項目。以至後來，不得不把個別項目從Jakarta中獨立出來，成為Apache軟件基金會的頂級項目，Struts項目就是其中之壹。
最近，為了避免SCO與UNIX開源社區之間的發生糾紛降臨在Apache軟件基金會（ASF）身上。Apache軟件基金會（ASF）裏面開始采取壹些措施，讓眾多的項目進行更多協調的、結構化管理，並保護自己的合法利益，避免壹些潛在的合乎法律的侵犯（potential legal attacks）。