清光緒十四年，亦即公元1888年，美國長老會（AmericanPresbyterianChurch）在廣州沙基金利埠創辦了壹所名為格致書院（ChristianCollegeinChina）的高等學府。這所學府就是今天在香港復校四十多年的嶺南大學的前身。是年3月28日，格致書院正式授課，第壹批學生只有三十人。
1893年，格致書院脫離美國長老會，在紐約另組董事局（TrusteesoftheChristianCollegeinChina），成為壹所不屬於任何教會的基督教大學。其時中國政局正值多事之秋，格致書院既屬外國教會所有，難免成為仇外份子滋擾的對象。1900年，曾經在格致書院就學的史堅如謀刺兩廣總督德壽事敗，格致書院引起了滿清政府的註意。為免卷入政治旋渦，格致書院遷往澳門暫避。1903年，格致書院改名CantonChristianCollege，中文校名亦改為嶺南學堂，是為「嶺南」用作校名之始。在澳門流寓期間，嶺南學堂更壹度考慮遷往九龍。1904年，嶺南學堂決定遷回廣州，並在廣州河南康樂村購下三十多英畝土地，成為日後嶺南大學的永久校園。
隨著永久校址的啟用，嶺南學堂的發展蒸蒸日上。1911年，校友司徒衛從康樂校園北望的景致得到啟發，設計出壹個饒有意思的校徽。圓形校徽的上半部是廣州的白雲山；橫亙其中的是珠江，其南岸有茂盛的荔枝樹；下半部是康樂校園的曲水細流，富有詩意。這個圓形校徽經過多次細微的修飾，壹直沿用至今。另外，當時嶺南學生參加省運動會的時候，啦啦隊所用的校旗以紅色為底色，上面印有「嶺南」兩個灰色大字。自此「紅」、「灰」二色成為了嶺南精神的代名詞。
1912年9月，學堂的中文名稱改為「嶺南學校」，英文名稱則不變。1918年，嶺南學校終於發展出整套大學課程，並且頒發學位證書予當年修畢課程的三名畢業生。這時候，美國的哈佛、耶魯、哥倫比亞、史丹福，以及加拿大的多倫多等十五所著名大學正式接受嶺南畢業生入讀研究院課程。這是嶺南發展史上的壹個重要裏程碑。
1926年，國民政府頒布私立學校立案規程，禁止外國人在中國辦大學，嶺南學校亦在被禁之列。嶺南學校隨即成立以華人為主的校董會，以取代紐約董事局，並準備由華人接手主理校務。1927年1月，校董會推舉壹直襄助校務的鍾榮光為校長，李應林為副校長，展開華人領導嶺南的新壹頁。嶺南亦正式易名嶺南大學，英文名稱亦相應改為LingnanUniversity。嶺南大學於是年3月向國民政府呈請立案，確定為國際性的私立基督教大學。鍾榮光長袖善舞，魄力過人，主理校政期間為嶺南打下了良好的基礎。從1927年至抗戰前夕，嶺南大學在原有的文理學科上先後增設農學院、商學院、工學院、醫學院等部門；又開辦中學、小學、華僑班等附屬組織；並且在香港設立嶺南分校，成為中國南方壹所舉足輕重的教育機構。
抗戰期間，中國不少著名高等院校都跟隨國民政府往西部遷移。嶺南大學是私立大學，並無追隨政府的計劃。廣州淪陷前夕，嶺南大學決定遷移往香港繼續發展。事實上早於1937年，嶺南大學附屬中學已經往香港青山灣梁園上課。1938年8月中旬，嶺南大學壹舉遷往香港，借用香港大學的校舍繼續授課；農學院則租用屯門藍地的農場。當時復課生加上來自別校的轉讀生，嶺南大學在港學生人數竟達到廣州時期百分之九十之多。
1941年12月，香港淪陷，時為校長的李應林率領嶺南大學師生輾轉逃亡至粵北韶關。在國民政府和美國基金會的協助下，嶺南大學最後在曲江大村復校，並將校園命名為嶺大村。後來戰事日漸蔓延，嶺南大學只好由曲江轉移往東江梅州。
1945年抗戰勝利，嶺南大學重回廣州康樂的校園，李應林承擔起復課的任務，完成了艱巨的重建工作。1948年8月，陳序經接任校長壹職，迅即將嶺南大學的學術地位提升到壹個新的境界。陳序經是著名的全盤西化論的倡導者，在海內外享有盛譽。他立意要將嶺南大學打造成全國最優秀的學府。因此他在上任前即向清華大學、中央研究院、協和醫學院等壹流學術機構挖角，聘請明星級教授十數人。另外，陳序經又以個人的交情和魅力，請來陳寅恪、王力、梁方仲、容庚幾位人文學科的國寶級教授加盟，奠定了嶺南大學在中國文史界中舉足輕重的地位。連同陳序經本人在內，嶺南大學優秀的師資在戰後的廣東造就了壹個人文薈萃、精英雲集的局面，其盛況可謂壹時無兩。
1952年底，全國高等院校進行調整，嶺南大學的康樂校園變成了中山大學的校園，原有的課程或科系拼入廣州其他院校，曾經是國內著名學府的嶺南大學正式解體，結束了六十多年曲折而光輝的教育道路。 自1952年院校調整以來，嶺南大學校友壹直以復校為奮鬥的***同目標。1966年，嶺南中學校董會邀請嶺南大學香港同學會及嶺南會所聯合組成「嶺南教育擴展會」，為嶺南大學的復校作出了具體的籌備工作。1967年9月，嶺南校友在香港成立嶺南書院有限公司籌辦嶺南書院，開始了嶺南大學復校的第壹步。為結集資源以推動嶺南教育事業在香港的發展，嶺南書院有限公司更於1969年與嶺南中學有限公司合並，組成嶺南教育機構有限公司。
創設伊始，嶺南書院借用嶺南中學的課室上課。第壹年取錄了約壹百名新生入讀大學先修班，三十名入讀壹年級，其中有部分學生在學校寄宿。後來得到熱心校友支持奔走，嶺南書院先後興建了教學及行政大樓、大禮堂、語言實驗室、圖書館及教職員宿舍，具備了專上學院的基本規模。1974年，嶺南書院師生的努力得到了回報；超過七十間北美的大學承認嶺南書院具有高等學府的地位。1978年，嶺南書院成功向教育署註冊為專上學院，並隨即易名嶺南學院，同時推行由政府資助的專上學制。
嶺南校友以十年時間建立了壹所頗具規模的專上學院，為此後的發展打下了堅固的基礎。嶺南進入第二個十年之後，校務迅速擴展。1983年，陳佐舜校長接掌嶺南，肩負提升嶺南學術地位的重任。陳校長不負眾望，在任期間大量延聘人才，重組學術部門，並改革課程結構，推行通識教育，為學術評審作好準備。1987年12月，英國「國家學歷頒授委員會」對嶺南進行全面評審，高度評價嶺南的領導架構、教學質素、行政效益、以及師生的質素。對於嶺南多年來進步神速，評審團予以高度評價，並認為嶺南的學術水平足以媲美「大學及理工教育資助委員會」轄下的院校。
嶺南的學術水平既得到肯定，於是決定停辦二年制課程，並要求政府增加撥款以推動榮譽文憑課程的發展。1988年，政府決定增加對嶺南的撥款，以增聘教職員、添置教材，應付新課程的需要。同時，政府亦計劃邀請嶺南加入「大學及理工教育資助委員會」，升格為開辦學位課程的高等學府。1991年，嶺南的努力奮鬥得到了重大的回報，嶺南在「香港學術評審局」的全面評審中取得上佳的評價。評審團成員特別推許嶺南教職員資歷良好，更對學生的傑出表現留下了深刻的印象。評審局因此認為嶺南有優良的學術條件開辦學位課程。最後政府接納建議，於1991年把嶺南升格納入「大學及理工資助委員會」體系，成為本港頒授學位的大專院校之壹。嶺南為了進壹步發展大學教育，於1995年遷入屯門新址，並開辦哲學碩士課程。1998年，嶺南獲得自我評審資格，並於1999年正名為嶺南大學。進入2000年，嶺南不斷向前邁進，增設博士研究課程，建立持續進修及社區學院，為香港以至鄰近地區提供多元化的優質大學教育。