隨著個人賬戶基金的自然增長和“空賬”的做實，其規模將越來越大，個人賬戶基金的管理和運營問題將進壹步凸顯，這是個人賬戶制度所面臨的巨大挑戰。據專家預測，如實現個人賬戶完全做實，到2030年基金規模將達到18萬億。
為了保障資金的安全和保值增值，個人賬戶基金應當實行嚴格的管理和運營制度。將投資的範圍限於穩健的品種。對於違反管理制度，造成基金損害的行為，要根據行為的主客觀方面，綜合運用民事、行政和刑事等各種制裁措施。在嚴格個人賬戶基金管理的同時，應當創新管理和運營制度，突破現行由公***部門直接運營的模式，更多地利用市場手段實現基金的保值增值，選任適合的民營機構作為受托人，負責基金的投資和運營。[5]這種間接運營模式適用的前提必須是保證資金安全。
國家應當為個人賬戶基金保值增值提供保證。積累制下的個人賬戶，其利率主要由實際運營結果決定，但國家應當根據通貨膨脹率、工資增長率等指標保證壹定的增值水平。《社會保險法》“記賬利率不得低於銀行第十四條規定，定期存款利率”，但是由於經常存在定期存款利率顯著低於通貨膨脹率的情形，這種保證尚有不足，需要將通脹因素考慮在內，以保障老年人的利益，維護社會的和諧穩定。
由於我國基本養老保險制度以“保基本”為目標，那麽個人賬戶的強制儲蓄也應有壹定限度，賦予參保職工壹定的選擇自由。對於壹些高收入群體，國家沒有必要強制他們在個人賬戶上進行過多的儲蓄，在個人賬戶累積達到壹定數額之後，可以允許停止向個人賬戶的繳費，這並不違背“保基本”的政策。