第二，關註新型農村合作醫療的績效。新農合績效關系到新農合的政策影響和持續穩定發展，審計可圍繞政策實施效果和資金使用管理效益兩條主線展開。政策實施效果審計主要通過審計調查收集相關數據，采用農民參合率、受益次數、住院受益、住院(門診)總體補償比例、住院壹次性報銷比例、各定點醫療機構近三年同病種住院平均費用增長率等評價指標，並對部分患者(特別是大病患者)進行深入分析，以評價新農合實施的社會效益和效益。資金使用管理效益審計主要揭示當地新農合制度在制度設計上是否合規合理，農民的參合積極性是否受到農民轉醫院就醫、報銷補償等復雜程序的影響。揭示相關監督管理部門和機構是否履行職責到位，是否違規審批定點醫療機構，是否存在醫療費用管控不嚴、定點醫療機構監管不力等問題，造成資金損失。審計調查發現，部分無資質的社區衛生服務中心、公共衛生中心綜合門診部、外包科室違規經相關管理機構批準設立住院床位，開展新農合住院直報業務；部分定點醫療機構放寬住院指征，醫患相互串通，將門診病人當住院病人對待，掛床住院，醫療機構藥品價格虛高造成的基金流失問題。
第三，註意新農合與其他國家醫療保障(救助)制度、公共衛生制度的政策銜接。近年來，為提高農民醫療保障水平，遏制農民因病返貧，國家出臺了多項惠農醫療保障政策，制定了壹系列農業醫療保障(救助)制度和公共衛生制度。審計要關註這些政策和制度的制定是否銜接，執行過程中是否存在相互替代、脫節的問題，是否存在損害參合農民利益或造成其他醫療保障(救助)資金不合理使用的問題。根據審計調查，農業戶口學生參加城鎮居民基本醫療保險制度與新農合補償制度不銜接，導致已參加新農合和新農合的學生因病住院時， 通過城鎮居民基本醫療保險和新農合制度的實際補償金額會超過可報銷的住院費用總額，住院費用越高，患者在實際住院費用之外獲得的補償就越多。
四、註重定點醫療機構開展新型農村合作醫療的合法性和合規性。醫療機構的新農合服務直接影響新農合基金的使用效率。主要審核定點醫療機構的診療活動是否合法合規，新農合報銷藥品目錄、國家醫療價格政策和新農合操作規程是否嚴格執行等。此項審核內容應結合現場突擊檢查、抽查病歷等醫療檔案和訪談進行。