1，選項較少
以前是按項目收費的。如果某個項目在醫保範圍內，那麽患者提出要求，也許醫生就能滿足。即使是同壹種藥，患者也會盡量選擇“貴的”，反正花的是“自己的醫保錢”。這種現象在患者進入醫保支付階段時更加明顯。
DRG實施後，部分醫療機構為了達到目的，會盡量選擇低價藥品/耗材/器械，患者失去了原有的選擇權，導致對醫療機構不滿，醫患關系緊張。
2.有的病人被推脫。
因為DRG分組是有權重的，權重在新的績效排名中變得越來越重要，所以醫療機構會“挑選”患者，高權重的患者會去爭奪，而低權重的患者如果住院時間長，就無法滿足住院需求。
很明顯的辦法就是讓患者去其他醫療機構。如果有醫療機構願意照顧，如果醫院不願意接收，那麽這樣的病人會很痛苦，包括病人家屬，也會牽扯到更多的精力去照顧，也會造成醫患關系的緊張。
3.提高自付比例。
壹些醫療機構為了達到包裝價格的要求，直接讓患者支付醫保可以支付的項目，包括藥品、耗材、設備甚至檢查項目。或者在醫院用不上，只能去門診和藥店買，以免被計入住院DRG收費。增加患者的負擔和不便，會影響醫患關系。
再看醫療機構的問題:
1，損失
此前，在北京、上海等部分城市的部分醫院試點中，出現了集團化盈虧現象，甚至醫院收支總余額為虧損。壹方面確實和成本管理有關系，原來醫院管理層的慣性思維導致成本不降反升，反而虧損。另壹方面與病歷首頁的質量和編碼有關。由於臨床與編碼者之間缺乏溝通，“高病低編碼”有損失。美國實施DRG後，壹些醫院倒閉了。
2.歪曲
壹些醫療機構為了“掙錢”，通過編碼“低病高備”來騙取醫保基金，這是虧的反面，在西方社會也出現過。當然，為了降低成本，聘用壹些薪資相對較低的醫務人員，容易導致醫療質量下降，甚至發生醫療事故。
3.比賽
首先是小組賽，哪個更好？加盟率多少才算合理？目前沒有明確的說法，醫保和醫療機構有協商的空間。此外，DRG可以被接受和排除在該集團之外，包括創新技術的使用，因此醫療保險可以接受多少創新仍無定論。
還有醫療機構之間的博弈。新壹輪的績效考核大多是按比例出現的，所以有可能是誰排在前面，誰排在後面，比如CMI值，壹個醫院權重高，CMI容易排在前面，容易出現挑病人的情況；成本指數和時間指數更是如此。壹個醫院只要費用低，住院時間短，就容易排名靠前，所以績效考核導向會影響臨床決策。