許多穆斯林學家不承認哈梅內伊為大阿亞圖拉。
在霍梅尼去世的時候，哈梅內伊不是馬爾賈和阿亞圖拉。伊朗伊斯蘭***和國憲法規定最高領袖必須是馬爾賈。 哈梅內伊的馬爾賈身份壹直備受爭議。在1994年大阿亞圖拉穆罕默德·阿裏·阿拉基（Mohammad Ali Araki）逝世後，庫姆神學院教員協會宣布哈梅內伊為馬爾賈，但伊朗的四名大阿亞圖拉拒絕承認哈梅內伊的馬爾賈身份。最終哈梅內伊以責任重大為由不接受成為伊朗什葉派穆斯林的馬爾賈，但接納成為伊朗境外什葉派穆斯林的馬爾賈。
因與霍梅尼對立而被軟禁的大阿亞圖拉穆罕默德·設拉子（Mohammad Shirazi）不承認哈梅內伊為馬爾賈。佩斯大學教授禮薩·阿夫沙裏在《伊朗人權》壹書裏提到，設拉子對哈梅內伊被認可為最高領袖和馬爾賈感到“憤慨”，他似乎更傾向於由壹群大阿亞圖拉組成的委員會來領導國家。
其他對哈梅內伊的馬爾賈地位抱有疑問的教士還包括大阿亞圖拉侯賽因-阿裏·蒙塔澤裏、大阿亞圖拉哈桑·塔巴塔巴伊-庫米（Hassan Tabataba'i-Qomi）及大阿亞圖拉阿蘇貝丁·拉斯特加·喬伊巴裏（Yasubedin Rastegar Jooybari）。在1997年，侯賽因-阿裏·蒙塔澤裏“質疑最高領袖的權力”，結果導致他的宗教學院被迫關閉，他在庫姆的辦公室也遭到襲擊，還被軟禁了壹段時間。
控制媒體
哈梅內伊有權直接任命伊朗伊斯蘭***和國廣播電視臺及其他組織的領導人。國家控制著大多數的電臺及電視新聞渠道，這些親政府的聲音經常宣揚官方的強硬措詞，不少人對國營媒體的宣傳和鼓吹表達不滿。 哈梅內伊發布過壹條法特瓦，稱伊斯蘭教治下嚴禁生產、儲存及使用核武器。此教令在2005年8月於維也納舉行的國際原子能機構會議裏陳述在伊朗政府的官方聲明裏。
伊朗核問題壹直是數十年來反復提及的國際議題，伊朗政府堅稱其核發展的目的是發電，但壹些西方國家指控伊朗嘗試發展核武。 哈梅內伊被壹些人視為國家保守當權勢力的領銜人物。他是所有武裝部隊的總司令，有權任命司法機關、國營電臺及電視臺的首長。
在2005年的總統大選前，哈梅內伊形容教士梅斯巴·亞茲迪（Mesbah Yazdi）是伊朗最可靠的思想家之壹，但據稱哈梅內伊“最近關註梅斯巴·亞茲迪的政治野心”。梅斯巴·亞茲迪是伊朗改革運動的批評者，被視為總統艾哈邁迪內賈德的精神顧問。
2007年，哈梅內伊要求政府官員加快伊朗轉向經濟私有化的步伐。對上壹次有關私有化的行動在2004年實施，當時推翻了憲法第44條，憲法第44條指伊朗的主要基礎建設應是國營。哈梅內伊還提議私人所有權應在司法部轄下的法院得到保障，以保障及鼓勵私人投資。
另外，哈梅內伊對民用用途的核技術表示了肯定，因為“石油和天然氣儲備總會耗盡的”。
2008年4月30日，哈梅內伊支持總統艾哈邁迪內賈德的經濟政策，他指西方比伊朗面對著更嚴峻的經濟問題，經濟危機由美國擴散至歐洲，而通脹亦是壹個廣泛存在的問題。哈梅內伊稱該經濟危機嚴重損害了全球經濟，這在過去60年來是前所未有的，“這次危機使聯合國對環球食物短缺的狀況發出了警示，但外國媒體卻隱指現時的價格高漲及國內通脹是部分伊朗官員疏忽而造成，這當然是失實的”。他又強調，任何人沒有權利因伊朗的經濟問題而責備伊朗政府。他建議人民和政府要知足，以度過經濟難關，他又補充“妳們應謹記這個偉大的民族是永不怕經濟制裁的”。 科學
在2002年的壹次演講裏，哈梅內伊突顯他不滿意高等教育及科學部部長穆斯塔法·莫因（Mostafa Moeen）的表現，因為莫因準許學生從事哈梅內伊認為是反伊斯蘭教的行為，如演奏和研習音樂、美術；到異教徒的國家旅遊；非宗教性質的野外考察。在該演講裏，哈梅內伊要求更嚴格地管制這些行為，敦促大學強制執行伊斯蘭價值。
哈梅內伊支持伊朗科學發展，他是第壹位準許進行幹細胞研究及體細胞核轉移的伊斯蘭教士之壹。在2004年，哈梅內伊表示國家的進步倚靠枓學及科技領域上的投資，又認為社會對學者和科學家的重視有助於培育人才，確保國家的進步和發展。
人權
哈梅內伊說過人權是根本的原則，隱含伊斯蘭教教義，領先西方所關註的人權達多個世紀。伊斯蘭教的人權包括生存、自由、公平對待及接受福利的權利。他批評西方勢力非議伊朗人權紀錄的行為表裏不壹，西方勢力卻以經濟手段榨壓第三世界國家的人民，又支持獨裁者。
不過，哈梅內伊並沒有將之延伸到巴哈伊信仰的宗教自由上，他支持迫害巴哈伊信仰，又簽署了縮減巴哈伊信仰在國內外影響力的多個方案。根據壹封由伊朗武裝部隊指揮部主席寫給情報及國家安全部、革命衛隊及警方的信件，哈梅內伊下令指揮部識別巴哈伊信仰的信徒，監視他們的活動，並要搜集信徒的所有資料。 作為“監護人”或最高領袖，哈梅內伊頒布教令指“監護人”在“任何關於穆斯林及伊斯蘭教事務上”的決定是“整個民族的意誌和決定”。
1996年末，哈梅內伊又頒布教令指音樂教育敗壞年輕人的思想，許多音樂學校被關閉，禁止公***機構對16歲以下的少年教授音樂（私營機構不受影響）。哈梅內伊又稱“不論任何年齡和任何教育程度，學校推廣音樂（包括傳統及西方音樂）不符合伊斯蘭教的信條和理念”。
到1999年，哈梅內伊頒布教令允許采用捐精、捐卵和代孕的方式進行生育，這與埃及在1980年代頒布有關輔助生殖技術的教令有所不同，該教令允許使用輔助生殖技術，但不包含第三者捐獻。
2000年，哈梅內伊在寫給議會的信函裏表明禁止伊朗媒體法的修訂，他指“現行的媒體法有效地防止災難，現時草擬的法案是非法的”。改革派及反對派經常批評他的“絕對立法權”。部分議會成員表示憤慨，又揚言會辭職。
2002年，他裁定人工幹細胞研究在只制造人體部分器官的情況下在伊朗是合法和允許的。
哈梅內伊在同年介入對大學教授哈希姆·阿哈加裏（Hashem Aghajari）的死刑判決，阿哈加裏指出穆斯林應重新解讀伊斯蘭，而不應盲目追從領袖，因而被判死刑。哈梅內伊要求法院重審，後來阿哈加裏被改判有期徒刑。
2007年7月，哈梅內伊批評伊朗的女權激進分子及《消除對婦女壹切形式歧視公約》。他在女權激進分子德拉瑞姆·阿裏（Delaram Ali）被判處34個月有期徒刑及鞭笞10下的兩天後稱“在我們的國家……壹些激進的婦女和壹些男子企圖在伊斯蘭規條裏大造文章，以期貼合與婦女相關的國際公約”，“這是不正確的”。
關於婦女的著裝要求，哈梅內伊稱婦女有義務穿著“希賈布”（穆斯林婦女穿戴的面紗和頭巾）。
哈梅內伊指出“同性戀是現今西方世界面對的主要問題，他們卻往往忽視它，而事實上同性戀是西方知識份子的重大、痛苦和找不到解決方案的難題”。
在哈梅內伊的示意下，伊朗警方在2007年發動“公***治安計劃”，逮捕了數十名“惡棍”以提升公***治安。這些被捕的“惡棍”在鄰居和鏡頭面前被毆打，又被迫在頸部懸掛衛生間使用的貯水皿。 哈梅內伊與武裝部隊的指揮官
2009年8月中旬，壹組不知名的前任改革派議員向負責選舉、監察及罷免最高領袖的專家會議作出申訴，要求調查哈梅內伊的執政資格。壹周後，壹組伊朗教士發出壹封匿名信件，信裏“稱伊朗的最高領袖是獨裁者，要求罷免他”。這信件動搖了哈梅內伊“中立仲裁者和伊斯蘭名義領袖的角色”，對“國家最具權力的人物制造了史無前例的難題”。《紐約時報》報道寫上“終結哈梅內伊”的塗鴉開始出現在德黑蘭街頭上，這種標語在不久前還是難以想像會出現的。
該信件被寄到專家會議的領導人、“強權的前任總統”阿克巴爾·哈什米·拉夫桑賈尼那裏，拉夫桑賈尼本人亦質疑選舉結果。據《美聯社》預測，這封信件不會得到“由86名議員組成、當中三分二被認為是哈梅內伊親信的議會認可，並且會反對”對哈梅內伊作出任何調查。
《紐約時報》報道，“壹名著名教士及前任議員在周日與信件的壹些作者交談，相信信件並非偽造”，信件的簽署人達“數十人，多數是庫姆、伊斯法罕、馬什哈德的中產階層”。 在2000年，哈梅內伊被保護記者委員會列為“傳媒及言論自由的十大敵人之壹”，而在2007年則名列時代百大人物。異見記者艾哈邁德·紮伊達巴迪（Ahmad Zeidabadi）、穆赫辛·薩澤伽拉（Mohsen Sazegara）、穆罕默德·努裏紮德（Mohammad Nourizad）及阿克巴爾·甘吉（Akbar Ganji）曾經涉嫌散布反對哈梅內伊的政策和壹些團體而被捕和接受調查。根據伊朗的媒體法，造謠、失實報道及歪曲他人言論實屬違法，而誹謗國內官員、機構、組織或侮辱受法律保護和尊重的法人或真人是不被允許的，以圖象或漫畫的方式進行以上行為也包括在內。
哈梅內伊最具爭議性的決定是在2000年拒絕通過議會為求修訂媒體法而呈交的議案，以及他所委任的憲法監督委員會在2004年伊朗議會選舉裏取消了逾千名議會候選人的參選資格。