《指導意見》明確，醫療保險支付方式改革的主要目標是從2017年起進壹步加強醫療保險基金預算管理，全面推行以病種付費為主的多元支付方式。國家選擇部分地區開展按疾病診斷相關分組付費試點(DRGs)。到2020年，適應不同疾病、不同服務特點的多重復合醫保支付方式將在全國範圍內廣泛推行，按項目支付比例將明顯下降。
改革的主要內容:
壹是推進醫保支付方式分類改革，實行多種復合支付方式。根據不同醫療服務的特點，推進醫保支付方式分類改革。住院醫療服務主要按病種和疾病診斷相關人群付費(DRGs)，長期和慢性病住院醫療服務可按床日付費；基層醫療服務，可以按人頭付費，積極探索按人頭付費與慢性病管理相結合；對於不適合包付費的復雜病例和門診費用，可按項目付費；探索符合中醫藥服務特點的支付方式。
二是註重按病種付費。對有明確診療方案和入院標準、診療技術成熟的病種，原則上實行按病種付費，逐步將日間手術和符合條件的中西醫門診治療納入按病種付費範圍。建立談判協商機制，合理確定中西醫病種付費標準。
三是開展按疾病診斷相關分組付費試點項目(DRGs)。
四是完善按人頭、按床日等付費方式。推進門診統籌和按人頭付費，可以從有明確治療方案標準和評價指標的慢性病入手。對於精神疾病、臨終關懷、醫療康復等需要長期住院且日均費用相對穩定的疾病，可以按床日付費。
五是加強醫保對醫療行為的監管。完善定點醫療保險協議管理，全面推進醫保智能監控，將醫保監管從醫療機構延伸到醫務人員的醫療服務行為，實現監管重點從醫療費用控制向醫療費用和醫療質量雙重控制轉變。有條件的地方醫保經辦機構可按協議向醫療機構預付壹部分醫保基金，用於支持醫療機構運行。