中國預防性病艾滋病基金會的主要工作應包括:
作為中國最早的防治艾滋病民間組織，基金會自成立以來做了大量工作，利用社會團體的便利，以多種形式協助政府開展防治工作。開展的主要工作如下:
1.1991年拍攝了國內首部反映性病艾滋病防治的科普教育視頻專題片《艾滋病追蹤》，全國發行，獲得衛生部“特別獎”。
2.1991設立“艾滋病防治小西獎勵基金”，與衛生部壹起，由衛生部等相關部委下屬單位和各省、市、自治區衛生系統對積極從事艾滋病研究、教育、宣傳和預防工作的若幹優秀工作者和先進集體進行獎勵。
3.1995與中國中醫研究院等單位合作，成功舉辦“國際艾滋病研討會”。
4.1996創辦《國際性病/艾滋病信息》專業期刊，編著《世紀預警》艾滋病科普圖書等出版物。
5.1997以來，與地方政府相關部門和非政府組織合作，在廣州、南寧、北京、烏魯木齊等地成功舉辦了大型“預防艾滋病教育展”；之後根據各地要求，修改制作展板，推廣到全國20多個省市。
6.提供艾滋病熱線咨詢；2001起，艾滋病在線網站上線。
7.1999參加中國科學院組織的艾滋病疫情控制策略調查，撰寫調查報告。
8.2000年與國內媒體合作拍攝播出《世紀預警》等有關艾滋病的教育片，2001年與北京電視臺合辦大學生艾滋病知識競賽。
9.近年來，在衛生部和有關國際組織的支持下，在農村和基層衛生部門開展了預防艾滋病的宣傳教育:
(1)2000年，山東濰坊和河北邯鄲以廣播、電視、展覽、傳單、講座等多種形式開展艾滋病防治健康教育。
(2)2001，在山東濰坊建立健康教育基地，在農村開展艾滋病宣傳預防工作；
(3)2006 54 38+0與山西省衛生廳合作，在山西省夏縣開展以“建設無歧視社區”為目標的艾滋病健康教育與幹預項目。這兩個地方的工作取得了成效，成為我們基金會在農村地區的艾滋病宣傳教育點。