（壹）自治區級水利建設基金主要用於自治區境內大江大河重點工程維護和建設；全區性的重點水利骨幹工程維護和修建，重點水保防治工程、防洪設施和水毀工程的治理、維護和建設；防汛抗旱通訊、信息系統維護修建以及為壯大水利產業的甲類水利工程項目建設。
（二）盟市、旗縣水利建設基金主要用於所轄範圍內的城鎮防洪工程維護修建；中小河流治理；中小型水利工程維護修建；水土保持、防洪及上級安排項目的配套資金。
（三）跨盟市、跨流域的水利、水保、防洪等骨幹工程由自治區和所在地盟市、旗縣***同負擔修建。第三條 從地方收取的政府性基金（收費、附加）中提取3％作為水利建設基金。項目包括：公路養路費、公路建設基金、車輛通行費、公路運輸管理費、市場管理費、征地管理費、個體工商業管理費、市政設施配套費、地方交通及公安等部門的駕駛員培訓費，與中央分成的地方電力建設基金。第四條 全區各級財政從年度新增收入中，剔除列收列支、政策性先征後返及按規定上解後，提取5％的資金作為水利建設基金。第五條 非農業生產建設占用水澆地的，在征收“征地管理費”的項目，按獲得土地使用權所發生費用的3％向用地單位征收水利建設基金。社會福利和經濟適用住房以及軍隊、學校用地，免征水利建設基金。第六條 全區新增農牧業稅收70％用於農業基礎設施建設部分中的40％的資金，納入水利建設基金。第七條 全區有重點防洪任務的城市從征收的城市建設維護稅中劃出15％的資金用於城市防洪建設。
全區有重點防洪任務的城市包括：呼和浩特市、包頭市、烏海市、赤峰市、海拉爾市、牙克石市、根河市、額爾古納市、滿洲裏市、紮蘭屯市、烏蘭浩特市、阿爾山市、通遼市、霍林河市、錫林浩特市、集寧市、豐鎮市、臨河市。第八條 經自治區人民政府批準征收的用於水利工程和防洪設施建設的各項基金（資金、附加、收費），統壹納入自治區級水利建設基金。第九條 政府性基金（收費、附加）中提取的水利建設基金，由各級財政部門按其實際收取額與同級計劃、水行政主管部門核實後直接劃轉水利建設基金專戶。第十條 從年度新增財政收入和城市維護建設稅中提取的水利建設基金，由各級財政部門直接劃轉水利建設基金專戶。第十壹條 向非農業生產建設占用水澆地單位征收的水利建設基金，由批準用地的土地管理部門代征，並按季度繳入同級財政部門水利建設基金專戶。第十二條 從新增農牧業稅收70％用於農牧業基礎設施建設的部分中提取的水利基金，由各級財政直接劃入水利基金專戶。第十三條 水利建設基金是政府性基金，是政府用於水利建設的無償投入，免征壹切稅費，納入各級財政預算管理，專項列收列支。每年年初由各級水行政主管部門根據政府安排的水利建設規劃和年度水利建設計劃，向同級財政部門報送年度基金使用計劃，經同級財政部門審核後按計劃撥付同級水行政主管部門。其中，用於水利基本建設的水利建設基金，要分別納入同級基本建設投資計劃。水利建設基金實行專款專用，年終結余可結轉下年繼續使用。第十四條 各代征代繳單位必須使用自治區財政廳統壹印制或監制的行政事業性收費專用票據，並從代征的水利建設基金中提取2％用於代征過程中的正常開支。第十五條 各級財政、計劃、審計、水行政主管部門應加強水利建設基金征集、使用的監督和管理。有關單位和個人應積極配合，如實提供有關資料，保證水利建設基金足額征收。
各級財政部門應定期向同級計劃、水行政主管部門通報水利建設基金的征繳情況；各級水行政主管部門應定期向同級財政部門報送水利建設基金的使用報表；各級審計部門應對水利建設基金的征繳、使用情況進行審計。第十六條 任何單位和個人不得弄虛作假，截留、擠占或挪用水利建設基金，違者視其情節輕重依法處理，構成犯罪的，追究其刑事責任。
對不認真履行代征代繳義務，擅自減免或拒不交納的，應追究其主要負責人的行政責任。