過渡期結束於1997年6月30日，香港正式結束英國殖民統治，成為中華人民共和國特別行政區，董建華為首任行政長官。然而，僅僅三個月後，東南亞、日本、韓國和臺灣的貨幣都受到了外部沖擊。香港也未能幸免。房地產產值大幅下降，失業率從2%上升到6%，經濟增速也由正轉負。恒生指數從1997年8月創下的歷史新高65，438+06，820，下跌至隨後8月的6，700，銀行同業拆息從襲擊前的幾厘米升至幾十厘米，隔夜拆息甚至達到65，438+。65438+1998年8月中旬，時任財政司司長曾蔭權、金管局總裁任誌剛、港交所行政總裁鄺其誌宣布動用外匯基金入市，試圖扭轉恒生指數壹年多來的跌勢。最終他們用118億港幣成功擊退了量子基金為首的投機者。隨著1998年香港政府在市場上購買的“官股”衍生的盈富基金1999的推出，香港股市再次進入瘋狂狀態。恒生指數也升至12000點的歷史新高，失業率從6%降至4.5%，經濟增長率增長10%。但是隨著美國互聯網熱潮的消退，香港的互聯網泡沫也破滅了，然後2006年美國發生了965438+，5438+0。香港繼續走下坡路是必然的。此外，香港作為中國轉口港的優勢受到上海、廣州和深圳的挑戰。，面對經濟轉型和全球化的沖擊，制造業北移，失業和通縮隨之而來。壹系列政策失誤和政府無法樹立良好的公關形象，使政府處於弱勢地位，社會不滿的氛圍與日俱增。這場衰退壹直持續到2003年底。
2003年春天，由於嚴重急性呼吸系統綜合癥(SARS)的爆發，香港各方面都受到重創。直到6月23日，世界衛生組織宣布將香港從“本地感染地區”名單中刪除。這次疫情，香港感染1755人，死亡299人。經濟損失無法估量，失業率升至8.7%的歷史新高。政府對抗疫過程的處理受到批評，人們從只關註經濟發展轉向關心當地政治。同年年中，政府就《香港基本法》第二十三條國家安全問題強行立法，成為公眾不滿政府施政的導火索，引發同年7月1日50萬人遊行，被視為親政府的自由黨此時突然宣布反對，政府不得不暫時擱置立法。遊行之後，中國人民和中國中央政府對香港的政策再次集中在經濟方面，如落實香港與中國大陸的更緊密經貿關系安排(CEPA)，實施“個人遊”，允許中國大陸部分省市居民短期自由行香港，以及落實港珠澳大橋，鞏固香港作為亞洲物流中心的地位。
2004年5、6月，香港成為“泛珠三角9+2”經濟壹體化成員，繼續發揮原有優勢。此外，私營企業的自由行使香港繼續成為內地企業拓展海外市場和外國及香港企業進入內地市場的“窗口”。人民幣在香港的可兌換性使香港成為最大的人民幣離岸中心。特區政府亦已開始與中央及各級政府商討香港與內地的公路及鐵路規劃，以加強兩地的陸路交通聯系，確保香港繼續成為亞洲重要的金融、航運及服務中心。同年7、8月，香港開始出現輕微通脹，正式走出持續68個月的通縮期。
2005年3月12日，特首董建華突然以健康為由辭職，被中央任命為政協副主席。董建華辭職的原因，是社會普遍認為他被各種壓力，特別是被批評施政7年不理想，弄得筋疲力盡。時任政務司司長曾蔭權宣布參選行政長官，接替辭職的董建華。最終，他成為唯壹有效提名的候選人。6月21日被中央正式任命為新壹任行政長官，6月24日赴京宣誓就職。曾蔭權繼任後，為香港政壇帶來新氣象，市民對香港政府的信心和評價普遍回升。
2005年9月12日，亞洲第二座迪士尼樂園在香港大嶼山竹篙灣開幕，為香港旅遊業和經濟註入了新的活力。