祝光耀在學習期間不僅掌握了相應的專業知識，實踐動手能力也得到了提高。在湖南郴州莽山林場進行樹木學實習，使他第壹次感受到南方原始林區的壯觀。後來又到長沙縣大山沖實習林場實習。臨近畢業時，他被學校抽調作為學生代表參加了在廣東樂昌林場開展的教改調查。這些教學實踐活動，對他的影響不可低估，直到後來走上領導崗位仍受益匪淺。
早在中學時代起他就擔任團幹、班幹和學生會主席。考入中南林學院後，他曾在團支部委員、班長、學生會學習部副部長、林學系學生會副主席等多個學生幹部崗位上鍛煉過。在讀書期間，他的文字水平、管理和協調能力得到了提高，加深了對社會的了解。 在1982年召開的全國林業廳局長會議上，祝光耀作為主管林業的副縣長，被林業部特邀作了大會典型發言。1985年中央1號文件關於開放南方集體林區木材市場精神下達後，他暫時凍結全縣木材收購和流通，組織調查組分赴廣東、福建和本縣林木主產區調查研究。提出了縣木材市場開放的基本原則：“壹個口子進，多條渠道流，木材價格隨行就市，林農和林業場站收益按比例分成”。面對當時社會輿論、領導班子和壹些領導機關的壹時不理解與壓力，經過充分準備，在中央1號文件下發三個月後，全縣木材流通改革方案正式出臺。通過這壹方案的實施，全縣木材市場全面放開，林木限額采伐，木材憑證運輸和銷售，木材價格隨行就市，林政管理井然有序。在當年中央1號文件下發後，南方集體林區林政秩序普遍混亂，林農、企業、財政減收的情況下，酃縣堅持積極穩妥的方針，當年木材生產就實現了“林農增收、木材企業增效、財政增稅”的“三增”可喜局面。由於酃縣在貫徹中央1號文件精神中創造性地開展工作，取得顯著成效，為此，省林業廳在該縣召開全省木材市場開放和林政管理現場會議予以推廣，省財政廳和國家林業部也分別在全省財政工作會議和南方（漳州）林政工作會議上特邀酃縣作了經驗介紹。此外，祝光耀還在殘次林改造、科學營林方面進行了積極探索，為該縣後來的集體林集約經營和分類經營打下了良好基礎。
貢獻
祝光耀在從事林業和生態保護領導管理工作的近三十年時間裏，他作為壹名生態工作者，為了這綠色的希望與追求，在林業建設和生態保護工作中摸索，為推進林業管理體制改革、調動集體林區群眾造林育林積極性，探索科學營林方式、開創造林綠化工作新局面，加強生態環境保護、推動生態系統管理等方面做了他力所能及的工作。
擔任林業副縣長期間，對集體山林經營方式進行大膽探索，確定了“三權在隊、壹權到戶”的集體山林承包經營責任制。這是在長期“壹大二公”條件下，對中國南方集體林區“大鍋飯”經營模式的壹次重大變革。這壹經營模式的提出和實施，穩定了林業生產秩序，促進了林業生產的發展，使酃縣在造林育林、木材生產、林政資源管理等方面進入全省先進行列。 在分管防沙治沙工作期間，著力推進，積極爭取，實現了全國防沙治沙工作由全國綠化委員會統壹歸口的管理體制，使中國防沙治沙工作進入了統壹、規範、穩步發展的新階段。與此同時，他還積極參與了聯合國防治荒漠化公約的談判和履約工作，並代表中國政府簽署了這壹公約。為推動區域荒漠化防治工作的國際合作交流，他先後籌辦了亞非防治荒漠化論壇和亞洲防治荒漠化部長級會議，並分別擔任兩會議的主席。兩個大會取得圓滿成功，獲得了聯合國防治荒漠公約秘書處和中國外交部的高度贊譽。
在國家環保總局工作期間，祝光耀針對長期以來國內生態領域重建設、輕保護，重開發、輕管護的狀況，以及“壹方建設多方破壞，建設趕不上破壞”的被動局面，深入不同類型區域調查研究，集思廣益，明確提出了生態保護與汙染防治並舉方針的建議，提出了生態保護“三區”推進戰略：即對重要生態功能區實施搶救性保護、對資源開發區實施強制性保護、對生態良好區實施積極性保護。據此，環保總局代國務院起草了《全國生態環境保護綱要》（代擬稿），確立了生態系統保護的基本框架。2000年，國務院正式下發《全國生態環境保護綱要》，為全面推進中國生態保護事業邁出了堅實壹步。
在主管生態保護工作期間，以中西部為重點，搶救性建設了壹批自然保護區。在七年時間裏，國家自然保護區個數、面積分別增加116 %、87 %，其中國家級自然保護區的個數、面積分別增加81 %、230 %。同時，大力推進不同類型的地市、縣區、林區、礦區開展生態示範活動，經總局命名的國家級生態示範區166個，帶動了壹大批地方級生態示範區建設。
祝光耀積極探索區域全面、協調、可持續發展的具體實現形式，在國內由下而上啟動了環境優美鄉鎮（生態鄉鎮）、生態縣、生態市和生態省創建工作，並分別制定工作標準，建立相關工作機制和制度，進行了大力推動。自1999年海南省第壹個生態省創建以來，五年時間內，有吉林、黑龍江等八個省啟動了生態省建設，蘇州、紹興等壹批市縣啟動了生態市、生態縣建設，驗收命名了壹批環境優美鄉鎮。 ·祝光耀秘書長在2010年年會上關於2011工作計劃的講話（2010-11-19） ·國合會2009年工作報告（2009-11-18）
·祝光耀秘書長在2010年圓桌會議開幕式上的致辭（2010-03-29）
·祝光耀秘書長在2010年圓桌會議閉幕式上的致辭（2010-03-29）
·國合會2008年工作報告（2008-11-14）
·國合會2007年工作報告（2007-11-30）
·國合會2006年工作報告（2006-11-12）
·國合會2005年工作報告（2005-11-21）
·國合會2004年工作報告（2004-10-31）
·國合會2003年工作報告（2003-11-01）
·2010年工作報告（2010-11-18）
·祝光耀秘書長會見世界自然基金會總幹事裏普（2010-04-12） ·祝光耀秘書長出席上海世博會城市最佳實踐區中意合作項目竣工儀式（2010-04-12）
·祝光耀秘書長出席上海世博會綠色出行林掛牌儀式（2010-04-12）
·國合會代表團訪問加拿大、美國（2009-09-11）