基金子公司與券商資管在某些方面相似，都可以募集單壹資金投資到各類資產，都可以募集集合資金參與交易所轉讓的產品以及集合信托等。但是信托、券商資管、基金子公司在投資限制、投資者限制、投資效率、監督約束等方面仍有顯著差異。基金子公司與券商資管的區別體現在以下幾個方面。
1、委托人限制
券商資管在銀證合作中，委托人為銀行的情況下，委托人總資產不能少於300億。而基金子公司的委托人不受限制。
法律依據：《關於規範證券公司與銀行合作開展定向資產管理業務有關事項的通知》。
2、法律關系
券商資管是委托關系，基金子公司是信托關系。法律依據：新《基金法》
3、投資限制
券商資管有三類產品，定向資產管理計劃僅限於單壹資金投資，投資限制較少;集合資產管理計劃的投資範圍僅限於交易所交易的產品、商業銀行理財、集合資金信托計劃等，不能將募集資金投資到未在交易所轉讓的股權、債權、lp受益權和財產權等;
專項資產管理計劃的投資限制較少，但需要證監會逐壹審批，操作效率較低。而基金子公司的專項資產管理計劃的投資範圍較廣泛。
同時，在銀證合作中，券商資管募集資金不得投資於高汙染、高能耗等國家禁止投資的行業;而基金子公司則無約束。在股票質押式回購中，券商資管的定向、集合可參與，而基金子公司不能直接參與。
法律依據：《關於規範證券公司與銀行合作開展定向資產管理業務有關事項的通知》。
4、集合資金募集能力經紀業務體系較為強大券商資管，在集合資金募集方面較有實力;而基金子公司成立時間較短，募集資金的能力有限，但如果基金子公司的股東銷售實力較強，亦可解決部分銷售問題。
5、凈資本約束
券商資管隸屬於證券公司，證券公司受到凈資本約束，券商資管的總體規模受到限制;基金子公司不受凈資本約束。