漁業資源費的征收和使用應本著取之於漁，用之於漁的原則。
漁業資源費由縣級以上人民政府漁業行政主管部門及其授權單位按照批準發放捕撈許可證的權限征收。經國務院漁業行政主管部門批準發放捕撈許可證的，漁業資源費由國務院漁業行政主管部門所屬海域的漁政監督管理機構(以下簡稱“海域漁政監督管理機構”)征收。
漁業資源費分為海洋漁業資源費和內陸水域漁業資源費。
海洋漁業資源費的年征收額，由沿海省級人民政府漁業行政主管部門或者其所在海域的漁政監督管理機構在已批準發放捕撈許可證的漁船前三年采集的水產品平均年產值(不含經濟價值高的漁業資源產值)的1%至3%的幅度內確定。
內陸水域漁業資源費的年度征收額度由省人民政府確定。
特殊捕撈經濟價值高的漁業資源物種的漁業資源費年征收額，在發放捕撈許可證的漁船批準捕撈前三年該物種平均年產值的3%至5%的幅度內確定。
經濟價值高的漁業資源物種名錄由國務院漁業行政主管部門確定。
漁業資源費的具體征收標準，由省級人民政府漁業行政主管部門或者其所在海域的漁政監督管理機構在本辦法第五條確定的漁業資源費年征收額範圍內，按照下列原則制定:
(壹)從事遠洋捕撈，有利於保護漁業資源或國家鼓勵發展的作業，其漁業資源費征收標準應低於平均征收標準，也可在壹定時間內免繳漁業資源費。
(二)從事應當淘汰的、不利於漁業資源保護或者國家限制發展的作業，或者持臨時捕撈許可證從事捕撈作業的，漁業資源費的征收標準高於平均征收標準，但最高不得超過平均征收標準額的三倍。
(三)經依法批準采集珍貴水生動植物的，按照經濟價值高的漁業資源專項采集適用的采集標準，加倍收取漁業資源費，但最高不得超過上述采集標準的3倍。因從事科學研究活動需要，按有關規定批準采集珍稀水生動植物的。
漁業資源費的具體征收標準由省人民政府漁業行政主管部門制定，報省人民政府價格主管部門批準；由海區漁政監督管理機構制定，報國務院漁業行政主管部門審核，由國務院物價部門批準。