劉小樂發表了 70 篇文獻 (26 篇是(***同)第壹或通訊作者), 包括 19 篇在 Nature/Cell 系列中 (其中 7 篇是(***同)第壹或通訊作者)。根據 Google Scholar 統計她的 H-index 為 28，就是說她有 28 篇論文被引用超過 28 次。 她做過 26 場國際會議特邀學術報告, 在世界各地的大學與研究機構舉行過 50 次講座和研討會。她擔任 19 家期刊 (包括 Nature, Nature Genetics, Nature Review Genetics, 和Nature Biotechnology) 和 3 個國際會議的審稿人, 並且先後擔任 Genomics, Annals of Applied Statistics, Biostatistics, 和 BMC Bioinformatics 的編委。她還參與了 9 個美國國內或國際科學會議的組織和程序委員會。 劉小樂非常關心教書育人。在最近 5 年裏, 她在不同的學術機構教授了 8 門不同的課程和講習班, 包括在哈佛大學的 3 門課程以及 2007 年國家自然科學基金的龍星計劃課程。她在哈佛的研究小組的學生、程序員、分析師、博士後、研究員來自不同背景(4 名物理，2 名生物物理，以及化學工程、電氣工程、生物、生物信息、計算機和經濟學各壹名) ，並且她在同濟大學現有三名研究生。她不僅僅是實驗室成員科學研究方面的導師，還關註他們的事業發展前途。她組裏的博士畢業生和博士後大都在優秀高校終身制任教 (加州大學舊金山分校, 貝勒醫學院, 亞利桑那大學, 楊百翰大學, 同濟大學)。
劉小樂 2002 年成為高等教育年鑒 (The Chronicle of Higher Education) 的封面人物, 獲得了Bioinformatics Whiz 和 rising star 的美譽。她 2005 年獲得 Claudia Adams Barr 創新基礎癌癥研究獎, 2006 年獲得國防部前列腺癌研究計劃新人獎, 2008 年獲得 Sloan 基金會研究獎金。她目前擔任三項美國衛生部 (NIH) 資金和壹項國防部資金的 PI (Principle Investigator), 以及六項 NIH 資金的骨幹 (Co-Investigator)。她還擔任美國衛生部, 自然科學基金, 和國防部醫學研究計劃的評審團委員。
未來展望 生物醫學研究的未來不僅依賴於可以設計出優秀實驗並產生高質量數據的實驗生物學家，還要依賴於會對產生的數據進行有效分析挖掘的計算生物學家。公***域的基因組數據比任何壹個實驗室能產生的數據都多，而且有更多的知識含量。配備了廣泛的生物學知識、充足的數據挖掘及算法開發技能，計算生物學家能夠有效地利用公***數據，從更多的相關數據中更快地找到規律, 設計出更好的生物學實驗，為生物醫學的新發現做出重要貢獻。 隨著高通量測序技術的不斷提高, 數據生成將會象超市購物壹樣容易和充足，而且基礎科學 (用模式生物和細胞株) 研究、轉化醫學 (用正常和得病人的組織器官) 研究、和臨床 (直接接觸病人) 研究之間的距離將會縮短。在 5 年之內, 用不到 $100 在壹小時內測序壹個人體基因組將會成為現實。生物醫學研究者的方向、模式和所提出的問題將會和現在完全不同。 每個生物醫學研究工作者都應該問自己：我怎樣為這壹天做好準備？劉小樂期待著與有誌向、有天分的同學們壹起探索生物醫學的奧妙。
代表文章 (#***同第壹作者, ****同通訊作者 ) ： 1. Liu XS, Brutlag DL, Liu JS (2002). An algorithm for finding protein-DNA binding sites with applications to chromatin immunoprecipitation microarray experiments. Nat Biotechnol. 20(8):835-9. 2. Johnson WE#, Li W#, Meyer CA#, et al, Liu XS (2006). MAT: Model-based Analysis of Tiling-arrays for ChIP-chip. Proc Natl Acad Sci U S A. 103(33): 12457-62. 3. Carroll JS, et al, Liu XS*, Brown M* (2006). Genome wide analysis of estrogen receptor binding sites. Nat Genet. 38(11):1289-97. 4. Ozsolak F#, Song JS#, Liu XS*, Fisher DE* (2007). Global chromatin structure mapping of human promoters. Nat Biotechnol. 25(2):244-8. 5. Johnson DS#, Li W#, et al., Struhl K*, Myers RM*, Lieb JD*, Liu XS* (2008). Systematic evaluation of variability in ChIP-chip experiments using predefined DNA targets. Genome Res. 18(3):393-403. 6. Zhang Y#, Liu T#, et al, Li W*, Liu XS* (2008). Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biol. 9(9):R137. 7. Wang Q#, Li W#, et al, Liu XS*, Brown M* (2009). Androgen receptor regulates a distinct transcription program in androgen-independent prostate cancer. Cell. 138(2):245-56. 8. Vastenhouw N#, Zhang Y#, et al, Liu XS*, Rinn J*, Schier A* (2010). Chromatin signature of embryonic pluripotency is established during zygotic genome activation in zebrafish. Nature. 464(7290):922-6. 9. He HH#, Meyer CA#, et al, Brown M*, Liu XS* (2010). Nucleosome dynamics defines transcriptional enhancers. Nat Genet, 42(4):343-7. 10. Ji H* & Liu XS*. Analyzing ‘omics data using hierarchical models (2010). Nat Biotech. 28(4):337-40